DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68596 N=C1N=Nc2nc3n(c(=N)c21)CC3C1CCC(O)CC1C(=O)O.NOP(=O)(O)O TargetDiff 6J7E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68597 C1=C2Cc3ccccc3C2CCC1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68598 OC1=C2CCCCC(O)C2=CC=CC1C1CCOC1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68599 COCc1ccccc1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68600 NC1=C2C=CC=CC2CC1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68601 O=C1NCNC1C1CCC(O)C1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68602 CC1CCC2CCC3C(C)CCCC(N)C(C)C3CC12 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68603 N=C1CC(CCO)C(=O)CS1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68604 O=C1C2C3=C(C=CN2C2CC4C(O)C(O)=CC(O)C4CCN12)CCC3 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68605 O=C(O)c1ccc(O)c(F)c1 TargetDiff 5DBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68606 COc1ccc(C2N3C(F)C(F)=CCC3C(C)=NC3C(=O)C(O)C(C)N32)cc1 TargetDiff 5DBM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68607 COc1cc(OC)c2c(c1)C1C3=C=C4C(=C(N5CCCC5)N=C5NCNC45)CN(C)C3(C)C(O)C(O)C1CO2 TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68608 CC1CNC(=O)C12c1ccnc3c1NC1C4=C(NCCCC1CCNC(O)(O)C2O)NCC43 TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68609 C1=CC/N=C2/CC3C4=C2N=C2C(=CC=NC(=C2N4)CNC2CCCCc4cnc3cc42)OC2C=CC=CC=12 TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68610 CC1CCC(C23CCCC(F)C2CC3)C(=O)C(O)(C(C)(C)C)CCCC2=C=CC(C(=O)O)=CC(=[C]2)C1O TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

68596 to 68610 of 73725 items. Total 4915 pages.