DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68566 CC1CC2CC1CCCC2C1CC(=O)CC1C(C)C(O)Cc1cccc(F)c1 TargetDiff 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68567 CCC=CC(Nc1ccnc(C)c1)C(=O)N(CO)c1ccccc1 TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68568 CS([O])([O])[C@@H]1CC2=CC=C([C@H](C=NCF)N=C3C=CCC=C3)CC=C2C1=N TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68569 CCNC1=C(O)C=C(N2C=C(O)C3OC4CCCC4=C(O)C3C2=O)CC=C1 TargetDiff 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68570 CN1CC2CCC(C(=O)NC(=O)F)=C2N1 TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68571 Cc1ccc2c(c1)C1=C(CC2)NCCC1 TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68572 NC(=O)C(O)CCCC1CCC(Cl)C1 TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68573 O=C(C1CC2=C(C1)OCCC2)C1CCC(O)C1 TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68574 COC1C=CC(OCCC(=O)O)CCC1O TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68575 CCC1CC=C2CC(C)C(O)C(O)=C2CC1 TargetDiff 5J0D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68576 Cc1cnc(CN)cn1 TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68577 C[C@@H](CN=C1C=C(O)C2=C(OC(=O)C2=O)[C@@H]1C)C(=O)O TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68578 CCN1C(=O)NOC2=C1Oc1cc(OCC(C)C(=O)O)ccc1C2C TargetDiff 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68579 CCCC1CCC=C2CC(C(F)F)NC21 TargetDiff 5J0D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68580 O=C(OC1OC(O)C2(O)C1OC(CO)C(O)C2C(=O)O)C(O)C(O)(C(=O)O)C(O)CO TargetDiff 5CKS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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