Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68521	CCC(C)C(C)C(C)(O)C1CCCO1	TargetDiff	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68522	COC(=O)C(O)C(CO)C(=O)OC1=CC=CC2C1=NC=CC2N1CNC(C)CC=C1C	TargetDiff	5N9R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68523	Cc1cc2c3c(c(O)cc(F)c3c1O)N(CC(C)O)CO2	TargetDiff	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68524	CC1CCOC2C(=O)CC3CC(O)C(C)C(C)CC3CC2C1	TargetDiff	5N9R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68525	CCC1C2CC(C(C)N)NC2C=C(C(CO)C(O)C(N)=O)C1(CC)CO	TargetDiff	5N9R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68526	CNC1C(=O)NNCc2ccc(CCO)c3c2C1C3=O	TargetDiff	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68527	CNC(=O)c1cc2c(cc1O)C1C(=O)NCCN1CC2O	TargetDiff	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68528	CC(=O)c1ccc(=N)ncc1C	TargetDiff	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68529	N=C(N)CCNC(=O)NC1=CC=CC(C(c2ccccc2)C2CC(=O)NC2=O)C2OCCC12	TargetDiff	5N9R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68530	CC1C2=CNC=C/C2=N/CC2=NN=CC(O)/C2=C/1O	TargetDiff	5N9R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68531	CCC(O)CC1COC23CCC(C)CC4CC(CC)CC(C4C)C(O)C(O)C4CCC(CC4)C2(O)OC13	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68532	CC(=O)CN(OC(OC(=O)O)C(O)C(O)CO)C(CO)C1C(O)C(O)C2C(O)COC21	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68533	CC1(C(N)C(=O)O)OC(OC(C=O)C(O)C(=O)O)(C(=O)O)C(CO)C1N	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68534	NCCOCC1(O)CC(C2C=CC(C(=O)O)CC(O)C2)(C(O)C(O)C(O)C(O)O)C1O	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68535	CC1CC(N)CC(CF)CN2CC(CP(=O)(O)O)C(OC3OC(CC3C(=O)O)C(C)(O)CN1C=O)C2O	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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