Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68491	CC1C(=O)N=CC2C1C(C)C1(CC(=O)O)C(O)CCC1C2(F)F	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68492	C=C(O)CNC(=O)NC1CC(C(O)C2=CC(O)CCC2N)C(O)C(O)C1O.CCCC(=O)O	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68493	NC1=C(C2=CC3=C4NC(=O)C=C(NS(N)=O)N4C4CC=C(O)CC4C3C(O)C2=O)C=CCC=C1	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68494	C=C(O)C(CCCC1C=CCN=C1)C(=O)NCCC.CC(F)C(F)C1CC2C(=N)C(=O)OC2OCC1O	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68495	O=C(O)C1C(O)COC(C(C(=O)c2ccccc2O)C(O)CCO)C1O.O=[P](O)O	TargetDiff	4D1J	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68496	CCC(OCCOP([O])[O])C(O)C(O)CC(O)CC(O)C1C(NC(=O)CC(O)CC(C)O)OC(NCO)C1O	TargetDiff	4D1J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68497	CC(O)CC(O)OC(O)C1C(O)C(C(O)CO)C(O)C1(O)CNC(N)=O	TargetDiff	4D1J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68498	O=C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC1OCCCC1(O)C(O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68499	CCC(=O)O.O=C1NC(O)C(C(CO)CO)CC2(O)CC3CCCCC3C12	TargetDiff	4D1J	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68500	NC(=O)CCC(=O)N(CC(O)CCO)C(=O)c1ccccc1O	TargetDiff	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68501	CC1OCC(O)O1.O=C(O)OC(O)C(CO)COC(O)(CCO)C1OC([P](=O)OP(=O)(O)O)CC1O	TargetDiff	4D1J	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68502	O=C(OC1(CNCO)CCOC(OC2CCOC2)C1O)N1CCCCC1	TargetDiff	4D1J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68503	NCNC(=O)C(O)C1OC(C2NCCC2O)C2OC(C(=O)O)C(=O)OC12	TargetDiff	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68504	COCC1NC2OC1C(O)CC(C)(O)C(O)C(O)CCC1C=CC(CC2O)N=C1CN.O=P(O)(O)OP(O)(O)(O)O	TargetDiff	6BS4	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68505	CC(C)CCC=CN1Cc2cnccc2[C@@H]1[C@H](O[P@@](=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H]1OC[C@H](O)[C@H]1O	TargetDiff	6BS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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