Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68461	CC(C)N=C1N[C@H]([C@@H]2C(=O)C3C=CC4=C5C6C(=CC4)N(C)O[C@@H]4COC(=C7c8ccccc8[C@H]2[C@H]7N53)[C@@H]64)C2=C1CC=C(O)C2	TargetDiff	4NH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68462	C=C1CNCC/N=C2\CC(CCC(C(C)(C)O)C=C=CC3=C(C4CCC(C)C(=O)C4C)CCC3C1)C(CS(O)(O)O)N2.CC1C=CCC=C1	TargetDiff	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68463	CC(O)C1C(F)=CC=CC2=C1C1CC(CCC3CNC(C4CCCC4=O)=N3)CC1=C=C(N(C)O)CCC2O	TargetDiff	4NH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68464	CCC(NC(OC(C)C1CC2COC2C1)C1C=CC(N)C=N1)C1CCc2cccc(F)c2C1	TargetDiff	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68465	CCC1=CCC=CC1CC1C(O)=CCC=C1NC1=CC2=C3CCOC3C(=O)C2=CC1	TargetDiff	4NH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68466	CC1=CCC(OC(C)c2ccc3c4nc5c(nc24)NC(=O)C2=CC(CC=C2)CCC(c2cccc(O)c2)C(C)/C(=N/CCC3)N5)=C(F)C1	TargetDiff	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68467	O=C(O)C1CCC(=O)N2CCc3cccc1c32	TargetDiff	6U8O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68468	C=C(NC1C=C(F)C=CC(C(=O)O)C1O)C1CCCO1.Cc1cccnc1	TargetDiff	6U8O	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68469	CC1/C=C(C(N)=O)\C=C/C=C=C1C(=O)C1C=CCC=C1	TargetDiff	6U8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68470	CCN(C)CC(C(=O)OC)c1nc2c(n1Cl)C(C)C=c1c-2c2c(n1C)=C(OC)C=CC=C2	TargetDiff	6U8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68471	C1=CC2=CN=CC3C=CC=CC(=C23)C=C1.O=C(O)CO	TargetDiff	6U8O	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68472	CN(N[C@H]1C(=N)C2=CCC(=CCO)CC2=C2C=CC=CN=C21)c1ccccn1	TargetDiff	6U8O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68473	NC1(O)CC2=C(CC=CC2c2ccccc2)N1	TargetDiff	6U8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68474	CC1=C(O)C=CCC(C(F)(F)F)=C1	TargetDiff	6U8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68475	O=C1C2/C=C\C#CC(F)CC3=C=C2C(CCC3)N1S(O)(O)O	TargetDiff	6U8O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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