Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68431	CC(O)C(O)(O)C1CC(O)C(O)C1C(O)C(CO)CO	TargetDiff	5NZN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68432	O=C(O)C1CCC(O)(O)C2C(O)C(CCO)NC12	TargetDiff	5NZN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68433	NC1CN2C3OCCCOCCC(O)C3C3C(C(=O)O)NC1C32	TargetDiff	5NZN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68434	CC(O)C1(O)CC(C(CO)C(=O)O)C2C(O)C(O)C(C)(O)OC21	TargetDiff	5NZN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68435	CC(O)C(O)(CCO)C(O)C(CO)C(O)C(=O)O	TargetDiff	5NZN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68436	CC(O)(CCCCC(=O)O)C(O)N1C(=O)C(O)(COC(O)OCO)C(O)C1O	TargetDiff	5NZN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68437	CC(CO)C(O)C1C(O)C(O)C(O)C1C(O)C(O)CO	TargetDiff	5NZN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68438	O=C1NC2CC(O)C(O)C(O)C(C2)C2OCC3CC4CN1CC4C3C2O	TargetDiff	5NZN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68439	C1=CCN=CC1.NC(C(O)C(=O)O)C(O)C1CC2=C(C1)OC(CCOP(=O)(O)O)C2	TargetDiff	4XU1	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68440	CCC(O)=CCCCC[C@H](O)[C@H](O)CC=CCC1=CNC(=N)C(N=O)=NC1	TargetDiff	4XU1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68441	CP(=O)(O)OC(=O)CCCCCC1CC(CC(O)F)CC(N)C(CO)C1	TargetDiff	4XU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68442	CN.NC(CCc1ccc(S(O)(O)O)c(O)c1)C1=CCCC(C=O)=C1	TargetDiff	4XU1	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68443	CC(CNCCOP(=O)(O)OC(O)C1CN2c3nccnc3C=NC2O1)C1=CC(N)C(N)=C(CO)C1	TargetDiff	4XU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68444	N=C1N=CN=C2C1=NN=C1NC(O)(OCC(O)CP(=O)(O)OCC(=O)CC3CC4=C(C=CC=C(C=O)C4)N3)CCC12	TargetDiff	4XU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68445	NC1CN(O)CC2=C1NC(=CC(=O)CC[C@@H](O)COC(=O)C1=CCC=CC1)O2	TargetDiff	4XU1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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