DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68401 Cc1ccc(C2CNC(C)(C)C3C=CC=CC3C(O)C3C=CCC=C23)cc1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68402 COC(C)c1ccc(C2CCC3CC(C)(O)NC(=O)C32C)cc1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68403 NC1=CN=C(CO)N(C2CC(c3cccc(O)c3)CCO2)C1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68404 CC1=CC(C(=O)O)CC(C(O)CC2C(=O)N3c4c(C)cc(C)cc4CC3CCC2C(=O)c2cc(O)ccc2N(O)O)O1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68405 O=C(O)Cc1cc(Cl)ccc1C(O)C1=CC=CC2=CCC=C(F)C21 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68406 CC(CC1C=CCC(CO)=C1)C(C)C(=O)NC1CC(C(=O)O)NS1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68407 CCC1C(O)CC(CC(C)C23CCCCC2CC(C)C3(O)O)CC1OCCO TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68408 CC(OC(C1=CC=C(O)CC=C1)C1CCCC(O)(C(C)O)CC1)C(=O)O TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68409 CCCN(CC)CC1=C(C(=O)O)C2=CCC=CC2=C1Nc1cccc(OC)c1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68410 CNC1CCN(C(=O)C(O)CCCc2ccc(O)cc2)C1=O TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68411 COC1CC(CC2(C)C3CC(O)C(O)(O3)C3C(OC3(O)C(C)O)C2(O)CC(C)(C)O)OC1=O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68412 CC1C=CC(C(=O)O)C(C(C)C(CO)Oc2ccc(CCN)cc2)=C1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68413 CCC1CCC2NNC(=O)C2N(C2CC(c3ccc(C=N)cc3)OC2CCC2CN(C)CCO2)c2ccccc21 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68414 CCC(O)CC1CC(C(NC(C)=O)C(O)C2=CC(O)=CC3C=CCC=CC23)NC1=O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68415 CC1C(Cl)CC=C(C(Cc2cccc(C(N)=O)c2)C(=O)O)C1CN TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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