DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68356 CCC1(C)C(=O)NC(c2cc(C)ccc2OC2CCN(CO)C2)C1O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68357 O=C1NCCC2NCC3N=CC4=C(C(c5cccc(O)c5)CN4C4=CC=CC(Cl)C=C4)C3C12 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68358 CCC(O)C1(O)CC(C(C(=O)O)C2C(=O)NC(=N)N2C)=CN(CC(C)C(=O)O)C1C TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68359 CCCOC1CCC2CCC(C(O)(O)NC)CC2(O)C1C(O)c1ccc(C(=N)N)nc1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68360 CCCCCC1CCC(CCC(N)=O)N1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68361 CN1OC2C(CCCC2C(=O)O)CC(OC2=CC=CC(CO)C=C2)C1=O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68362 CC(O)C(OC(CC(=O)O)(C(=O)O)c1ccccc1)C(O)C(O)C1C=CC=C(F)C=C1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68363 CCCC1CCC(C2C=CC(C=N)C(O)=C2O)c2cc(C)cc(COC(C)C)c2C1O TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68364 CC1C=C2C(=O)N=C3C2C(C=N1)CC(N(C)CCC(=O)O)N3C(=O)NCc1ccc(Cl)nc1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68365 N=C(N)CCC1CC2=C(C1=S)C1C3C=CC=CC3C(C(=O)O)C3(O)CNC(=O)C(C2=O)C13 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68366 CC1C2C(C(O)C=CC2N(N)O)C2C(C3CC4=C(C3)OCCO4)C(C(O)CC(O)CC(O)C(=O)O)C2(O)C1O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68367 CCCN1c2ccccc2C=NC1OC1=CC2C(=O)NCN=C2N(c2ccccc2O)C1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68368 CC=CC(c1ccccn1)C1C=CC=C(OO)C=C1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68369 NC1=CC2CCC(CN3CC4OCC5C=CC(=O)C=C5N4C4CCCC43)C2=CC1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68370 CCN(O)C(=O)CN1CN(CO)C(=O)C2C=C(F)CC=C21 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

68356 to 68370 of 73725 items. Total 4915 pages.