Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68326	CNC(=O)OC1OC2CC(C(=O)O)OC3C(C=S)N(CO)C(C(O)C4OC(n5cnnc(NC=N)c5=N)CC4O)=NC23C1O	TargetDiff	5BW4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68327	N=C1NC=NC(=NC[C@@]2(O)CO[C@H](OC3C[C@@H]4C(=S)N5CCCCC[C@H]5C(=O)N[C@@H]4[C@H]3O)[C@@H](O)[C@@H]2O)C1=N	TargetDiff	5BW4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68328	O=C(CC(O)CC(O)C1OCC(c2ncnc3nccnc23)C(O)C1O)CC1C2CCOCC2C2CCN21	TargetDiff	5BW4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68329	N=c1ncn(C2COC(C(O)C(O)CCOP([O])[O])CC2O)c2nccnc12	TargetDiff	5BW4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68330	NC12N=CCN(C3OCC(SC4COC(C(O)C5CCNCCO5)N4)COC3O)C1=NCN2	TargetDiff	5BW4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68331	CCC1CC2CC3C(=O)C(C4OC(C(O)C(=O)O)C(N5CNC=C6C(=N)NC=NC65)C4O)ON3C2N1	TargetDiff	5BW4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68332	COCC[C@H]1O[C@@H]([C@H](CCO)CC[C@H](CCO)NC(=O)NCC=CC(=O)O)CC[C@H]([C@@H](C)Cl)[C@@H]1O	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68333	Cc1ccc([C@@]2(O)[C@H](C[C@@H]3N=C(CO)N(O)C3=O)O[C@@H](N=CC=CC=CN=C3CC=CC=N3)N2C(=O)[C@@H](O)P(=O)(O)O)cc1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68334	CC(O)(O)CNC(C1=CC=CC(O)C1)C1C=CCC=CC1C1=NS([O])([O])C=CC1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68335	NC(=O)CCC(CCC1N=C(NC2=NNCCO2)N=CC1CCCC(=O)O)CC(=O)O.OC1=CCC=CC1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68336	CCCCC1CC2CC(C(C)O)CC2(C)Nn2c(cccc2=O)OC(C(=O)OCCCCC2CCCC2)N1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68337	CC(=O)O.C[C@]1(O)CC=C(N[C@H](C(=N)C(=O)CN=C(N)N)C2CCC(CO)CC2)CO1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68338	CCCCC1CCN=C(SCN(CC(=N)CCF)CC(O)C(O)COCCC(C)O)C1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68339	COCCOC(CCOC1C=CC=CC=C1)Oc1ccccc1CC(=O)O	TargetDiff	6MQE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68340	CCNC(=O)c1cccc(NC(C(=O)NC2=NC(=O)C=CC2)c2cc(O)ccn2)c1.Oc1ccccc1.Oc1ccccc1	TargetDiff	6MQE	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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