DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68386 Cc1ccc(C2=CCC3=C(CC2C(N)(O)O)NCN3)cc1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68387 CNC(=O)C1C=NC=NC1N(C)C(CO)c1ccc(N(C)C)cc1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68388 CCC(CC(O)C(C)CC(O)(CC(=O)O)C1=C2C=CCC(C)=C2NN1)C(=O)O TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68389 COc1ccc(C2C(N=C=O)C(c3ccc(O)cc3)C(=O)C(CO)N2C)cc1O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68390 CC(C1=CCC=CN1)C1CCC(C2CC=C(Cl)C=C2C(=O)O)C1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68391 CC(C(=O)O)C1(C)C=CC=CC1CC1(N)CC2C3=C(CC(O)C3)NC2C1=O TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68392 NC=C1CNC(CCCCCCC(=O)O)=N1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68393 Cc1cc(C(O)C2C(O)C3C=CCC=C3C2C(C(=O)O)N(CO)C(C)C(N)=O)cc(O)c1C TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68394 N=C1CC2C3CCC(=O)C3CC3NC(=O)C(C4C=C=C(O)CCCS4(O)O)CC3C2CCN1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68395 COCCN1CCCC(c2cccc(C(N)=O)n2)C1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68396 N=NC1C(CN2CCC2)N(CCCC2C=CCC(Cl)=C2)C1C(N)=O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68397 CC1=C=CNC(c2ccc3nc(C)nc(C)c3c2)=C=CC1O TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68398 CCNCC(=O)CC1OC(=O)C(C(CO)C(C)O)OC1C TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68399 CC(CO)c1cccc(CC2CCC(C3=CCC=CC3)=CO2)c1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68400 CCc1c(Nc2ccc(S(O)(O)C(F)(F)F)cc2C(N)=O)cc(O)cc1OC TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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