DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68371 CCC(=O)C1C(Cc2ccc(OCO)nc2)CC2CC(O)C3(C)CC(=O)CCC23C(O)C1C TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68372 CN1CC2C(=CC1=O)C(O)C(C1CCC(C(N)=O)C1)NN2CO TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68373 CC(=O)OC(O)C1CCC(C(C)C(=O)CC(N)=O)C1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68374 CNC(O)(CC1C=CC(C(C)O)C(CO)=C1)c1cccc(C(C)(N)O)c1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68375 NC(=O)C1CCC(OC2CCCCN(c3nc(N(O)O)c4ccnnc4n3)C2)C1Cl TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68376 CC1=NC2=CCC3NC4CC(CO)CC4CC3OC2=CC1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68377 NCC1C=CC(=CCCC2CCCC2)C=C1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68378 NC(=O)c1ccc(C2(O)C(O)C(C(=O)O)C(O)(C3C=C(O)C=CC3C(=O)O)C2O)cc1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68379 C=C(O)C1=C(C2CNN(C)S2)CN(C(=O)NCCCC(C)C(N)C(=O)O)N1 TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68380 CC1OC2C(=O)N=C(C3C=CC(=N)N=C3)C(=O)C2S1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68381 CC1CC(C(O)C(CC(Cl)NC2CSC(F)O2)C(N)=O)C(=O)O1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68382 O=C1NCC(O)C2=C1C(C(O)(O)CC1=CC=C3NCCC4=C3C1OC4)NC2 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68383 N=C1Cc2cccc3c2C(=N1)C(COc1cnc(=N)nc2ccccc12)O3 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68384 CC1CC(C2CCC3C2=NC(CC(O)CO)=NC3C2CCN=C(CCO)C2)CNC1=O TargetDiff 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68385 OC1=CC(OCCC2=NC3=CCC=C(O)C3C3C4CN=CCC4N4CCCC4C3(O)N2)C=CC(F)=C1 TargetDiff 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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