Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68311	Cc1ccc(CCc2cccc(N3CCCC3)c2)cc1	TargetDiff	4YBK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68312	CCC=C1CN=C(CNC(=O)C2C3=C(c4cc([C@H]5C=CCC(F)=C5)cnc42)N(C)NC3)N1	TargetDiff	4YBK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68313	CC(O)C1C(=O)OCC(C(=O)NC2CCC(OO)C2)C2=C3C1=CCC1=NNOC(=C13)C2	TargetDiff	4YBK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68314	CC1CC(F)C(O)C1(O)NC1CC2NC(=N)C(N)C(F)=CC2CC1(O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68315	CC12CC(O)C(OC(CC3OCCCCC3O)C(=O)O)OC1C(=O)NC2=O	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68316	C#CCC1(C(F)CCCN)C(F)C[SH]1CC(C(=O)C(=O)O)C(O)(C(=O)O)C(C)O.F.F	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68317	CCC1CN=C(CC(=O)OC(C(=O)C(=O)O)C2CC(O)C(O)C2(C)O)N1C(F)F	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68318	N=C1N=C2NC(C(O)(C(O)C(CO)CO)P(=O)(O)O)OC2=NC1=N	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68319	CC(O)C(O)CC(N)C(C(=O)O)C1CN=C2N=CC(F)N=C2N1	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68320	N=C1N=CC=C2CC(NCC(O)(CO)C(=O)OP(=O)(O)O)C(=O)N=C12	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68321	CC(C)C(SCC1=NC(=O)C(=N)N1)P(=O)(O)CC1CC(C)C(C)(C)C1=O.CCCCC(C)=O	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68322	CC#CCOC=N.CC(CN)=NCN[C@H]1CC(=O)[C@@H]([C@H](C)C(O)(O)O)C1.OC(C1CCCCC1)[C@@H]1NC[C@@H]2COC[C@@H]21	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68323	N=C1N=CNC=C(NC(OC2C(O)OC(=O)C2CO)C(CO)C(O)(O)CO)N1	TargetDiff	5OT8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68324	O=c1ncccn1CCC1CCOCC1.OCC(O)CNC(F)F	TargetDiff	5BW4	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68325	NC(C(=O)O)C1CN(CC(O)C(O)C(O)C2CC(O)CC(N3CNc4c3ncc(O)c4O)O2)C(=O)C1CO	TargetDiff	5BW4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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