Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68476	CC(O)(CC1C2CCC(=O)C2(O)CCN1C(=O)O)C(O)C(O)C1=CC=C(F)C=CC1F	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68477	O=C1C2N=CCC=C2NN1C1C2CCCOC2(O)C(O)C1P(=O)(O)O	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68478	CC(CO)CCC(=O)C1OC2(C(C)C(O)C3(O)CCCN3C2O)C1(O)O	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68479	C[C@H](C(=O)N=C1C=CC(F)=CC1)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)OOCCC1=CN2CCCOC2=C(F)C1	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68480	CCCC(O)C(O)C1OC(=O)C(O)C1O	TargetDiff	5M7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68481	CCCCC(C)C(O)C(O)C1(O)CC(O)(CC2=CC(=N)C(=N)N=C2)C1O	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68482	CCCNC(=O)C(O)C(O)C(O)C1CC(C)CCCC1O	TargetDiff	5M7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68483	CC(O)C(CCO)C1(C)CC(C2=NC3=C(CCNC3)CC2)CNC(CO)C1O	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68484	O=C1SC(C2=CCC(Cl)S2)C(O)C(O)C2(C(=O)OCC2O)C1O	TargetDiff	5M7S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68485	CC1C(O)C(c2ccccc2)C(C(=O)O)C(N)NC(=O)CC2=NC1(O)NCN2	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68486	CN1CCC2C(CC(O)C2C(N)=O)C2=C(C(=O)O)NC(O)C2C1	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68487	CC(O)C(c1ccccc1C(=O)O)C(N)CC(O)C1CCC=C2C=CC=C(O)C21.Oc1cccnc1	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68488	NC1CN(CC(N)C(=O)O)C(C(=O)O)CO1	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68489	C=CCC=C=O.NC1CC(O)C(CO)N2C=NC=C(C2)C(OC(=O)CF)C(=O)OCC(O)C1CO	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68490	NC(=O)C1(O)C(O)C(O)=C2C(CCC3CCCC3)OCC3C(N)C(=O)OCC3N21	TargetDiff	5NIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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