Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68536	CNC1C(C(O)C(=O)O)CCC(C(C)O)C2CCC(O)C21	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68537	NC(CCP(=O)(O)O)CC1(N)OC(=O)CC2C3C(OC4COC(CO)C(C(O)C2(O)O)C3(O)O4)C1O	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68538	CN1CC2(CCC3CCCC3C3C(N)NCC(P(=O)(O)O)OC32)CC1O	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68539	COC(=O)C(O)(O)C1C2C(CC(C)O)N3C(=O)C=NC(CO)C3C(O)(CN)OC2C1(O)OP(=O)(O)O	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68540	CCCC1(O)C(C)C(C(=O)O)C(C(N)=O)C(O)C2CC(=O)C(=O)OC21	TargetDiff	5NZ4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68541	Cc1cccc2c1c1cc(O)ccc1c(=O)n2C	TargetDiff	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68542	C=C1SC2C(=O)NC(C)CCCCC3=N/C(=C/12)N=CN3	TargetDiff	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68543	O=C1C2C(CO)COC2OC2=C3C(=CC4=C(CCN4)N13)CC2	TargetDiff	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68544	CC1=C2C(=O)CCC=C3C2=C(C1)C(C)C3O	TargetDiff	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68545	C[C@@H]1NCC[C@@H](C)[C@@H]1[C@@H]1C2=C(C(=CO)NO2)C2=C3C(=NC(c4ccccc4)=C31)NC2	TargetDiff	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68546	CC1CC(Cl)C2=C1NCN2	TargetDiff	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68547	OCC1OCN2C=C(NN2)Oc2cncc(c2)N2CCC3=CC(O)=C(C=CC32)C1O	TargetDiff	6G3A	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68548	CC1=C(O)C2CCC3=C2C(CC3)C1	TargetDiff	6G3A	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68549	OCCC(O)C1OCC(O)CNC2C=C(CC=C2O)C2=C3C=C1CC=C3NN2	TargetDiff	6G3A	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68550	CCC1=CC(NCC(CC2=C(N3CC(C(=O)O)CN3)CC(O)=C2C(C)=O)C(C)O)CC=N1	TargetDiff	5FNS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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