DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68551 CC(=O)CCC1CCCC(C2OCOCCN(C)c3cc(cc(C)c3F)C(O)CN2C)O1 TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68552 CCC(CO)CC1COC2=C3C1c1cccc4c1C3(O)N(CCN(C(C)C)C(C)C2)C(OC)=C4 TargetDiff 5FNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68553 O=C(O)C1CCCC(CO)CN2Cc3c1ccc(Cl)c3C1CC=NC=C12 TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68554 CCCc1cccc(C(CCC(F)CCCCN(C)C(=O)c2cc3c(nn2)CCC3C)OCN)c1 TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68555 C=CC1CCC2=C1C(C(CO)C(C(CC(O)CO)C(=O)O)C(C)C1CCC3=CC=CC=CC31)CC2 TargetDiff 5FNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68556 CCC(O)CC(C1C=C(O)C=CC2=C1C=CC(O)C=C2)C(C(=O)O)C1=C(O)CC=CC1C TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68557 CC(CCC(C)(O)C(C=O)C(=O)C(=O)NC1=CC(C2C=CCC(NC(=O)O)=C2)CC(Cl)=C1)C(C)C(C)(C)C(C)NCO TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68558 CCC(C1=C(C)NCC1C1=CC=CCC=C1)N(C)Cc1ccc(F)cc1CCCCNC(C)=O TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68559 CC1OCC(=O)N2CC(O)CC2CC2=C(CCCC(C)N3CCc4ccc1cc4C3)CCN2 TargetDiff 5FNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68560 O=C(NCCC1NN2C=CC3=CCCC4NCC(=C34)C2C1=O)C1=CC(O)CC=C1 TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68561 CCC1C=CCC(NC2CC3Cc4cc(N(C)O)ccc4NC(C)(C(F)F)N3C2)=C1 TargetDiff 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68562 CC=CCCC(=O)NN1C[C@H](C)[C@H](CCCO)[C@@H](O)[C@H]1F TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68563 CC(=O)NCC1NC(CCC2C=C3CCCNC(C)C3=CC2C(=N)N)C(C)C1CC1C=CNC=C1.O=C=CC=C=CC#CCCF TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68564 CC(C)=CCCCNCc1cc(-c2cccc(O)c2)cc(C(F)(F)F)c1 TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68565 C.CCCC(CO)N1C(=O)CCN(C(=O)C2(O)NC3=CC(O)=C(C)C=CC3N2)C1=O.F.F TargetDiff 5NW2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔

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