DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68611 C=C1C[C@@H]2CCCCC[C@@H]3[C@@H](/C=N/C[C@@H](C)C4=C(CCC4)S([O])([O])[C@@H]4C[C@H]3C[C@H]4C(=O)N=C3C=CC(OC[C@H](O[C@H]4C=C(F)C=C[C@@H]4OC)[C@]4(O)C[C@H](C)[C@H]4O)=CC3)O[C@H]2C1.CCNC=CC(N)=O TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68612 CC1CC(C)C2C3=C1CN1CNN=C1CCC(=O)NC1C=NC4=N/C(=C5\CC(O)=CC=C5C(CO)C(C)C2O)N=C4C(=C1)N3 TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68613 COC[C@@H]1[C@H](C)N=C(c2cccc(N)c2)C=C2NCC(C=C3COCN3C(N)=O)N21 TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68614 CC(Cc1ccc(O)cc1)N1CC(C2C(OC(=O)C(O)C3COC(=O)OC3)CC34CCC3C(C)(C)CC24)C(=N)C1=O TargetDiff 5NK4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68615 NCCC1C=CC2=C3C(=O)NC(C4=C(C(Cl)COO)CCC4)=C3C(O)C(NCCO)SC2=C1 TargetDiff 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68616 CC(C)C/C1=N/C(NC2CCOC2)=C=Cc2ncc(CC3C(O)C/C=C\CC(F)C3O)cc2N1 TargetDiff 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68617 CC1(C)CCC2CNC(=N)CCC2C1O TargetDiff 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68618 CC1CCOC2C(CCC3C(=O)CCC(=O)N32)C1C TargetDiff 4QB3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68619 CCN=C1[C@@H](C2C=CCC=C2)NC[C@@H](C[C@H]2CCCC[C@@H]2C=O)[C@H](ON)[C@@H]2CCCN12 TargetDiff 4QB3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68620 CCC1Cc2c(cnc(C)c2O)C1C TargetDiff 4QB3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68621 COC1=NC2=Nc3c(Cl)cccc3CNC2=NC1 TargetDiff 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68622 N=C1C(=C2NNCC2=O)N[C@H]2C[C@H]3CCC[C@H]3C[C@@H]12 TargetDiff 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68623 CC1CN=C2C3CCCC3C3C=CCC1C23 TargetDiff 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68624 COC1C=C2C=C(O)c3cncnc3N=C2C=CC1 TargetDiff 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68625 O=C(O)C1CC(c2ccc3c(c2)CCC3)CC1O TargetDiff 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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