DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68626 CCC1OC2C(=CC(Oc3cc(C(F)F)ccc3O)C=CC2C(=O)O)C1C TargetDiff 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68627 COC(CC(O)O)=C(C)/C1=C/c2ccncc2Nc2ccccc2C1 TargetDiff 4ZBF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68628 CC(CO)C(C)C1CCC2C3=CC=CC=c4oc5c(c43)C(C=CC=5)C21 TargetDiff 4ZBF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68629 OC1=CC=C2C=CC=CC=C2C1C(O)CC1=C/CCNC/C=C\1N1CCNC1 TargetDiff 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68630 [O]S1([O])C2=CC=CC=CC2C2=C(OC3CN=C4CCC5C(O)=C(F)CC3=C45)CC(F)=CC21 TargetDiff 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68631 CCC1CCCOC1C(O)C(C(O)CO)C1CC(F)CCO1 TargetDiff 4ZBF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68632 O=C(O)C1NCC(C2C=C(Cl)C=c3cccc(O)c3=C2)=C1OC1CCCC1 TargetDiff 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68633 O=C1C2NCNc3cc(N4C=c5ccccc5=C5C=CC=CC54)c4c(c32)N1CO4 TargetDiff 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68634 CC1C(Cl)CC2C(=O)C=C(O)C(CCC(=O)O)OC21.CC1CCC2Nc3ccccc3C12 TargetDiff 4ZBF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68635 CCCC1c2ccccc2OC2CCC3=CC(CO)=CC1C32 TargetDiff 4ZBF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68636 COC1CC(O)(CO)OC(N(c2cccc(O)c2)C(CO)OO)C1F TargetDiff 4RA1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68637 CC1C=CC(CC2C(O)C3NCOC3C(=O)C(O)C(O)C2OC(O)CCO)C(Cl)=C1 TargetDiff 4RA1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68638 OCC(O)C1C(O)C2CC(O)C(CO)OC2C2COCCOC21 TargetDiff 4RA1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68639 CC(C)N1C(=O)NC2C1OCC(CO)C(O)C2(O)O TargetDiff 4RA1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68640 CC1CCC2=C(C=C3NC(=O)C(NCC4C=CCC=C4F)N3C3CCCCC23)C1 TargetDiff 4RA1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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