Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68791	COC1CCCC(C(=C=C(C)CCO)CO)C(C)(C)C1	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68792	NS(O)(O)C1C=CC(CC(CC2C=CCC=C2)NO)C(O)=C1	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68793	CCC1CC2CCC(CCCC(C(C)(O)O)C(O)CC(O)C2(O)O)O1	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68794	CCCC(C)(O)CC1C(C(=O)O)NC2CCC21C(C)C	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68795	O=C1OCC2CCC3CCCCCC(O3)C(O)(O)NCC12	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68796	CN(C)C1=CC2C(=O)NCCN(C)C2=NC1C1C(F)=CC(N=O)=CC1Cl	TargetDiff	4O07	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68797	O=C1NC(C(O)c2ccccc2)Cc2ccccc2C(O)C1C1Cc2c(F)cccc2-c2ccccc21	TargetDiff	4O07	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68798	CC1=C(C2CC(C(F)(F)F)C(C(=O)O)N2)NC2C(OC3CCCCC3)=NC=NC12	TargetDiff	4O07	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68799	CC1C=C=C2CC(C)CC3N4CC5C(CN(C(=O)/C=C/C=C\OC1)C5C1=CC(F)=C(O)CC1C4=O)C(=O)C1=CCCC(=C1)CN23	TargetDiff	4O07	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68800	CC1CCC(NC=O)C2CC1(C)CCC1CCC3C#C/C=C\C4/C=C/CC(C5=C(OCO)CC(C5)OC5=CC(C(F)(F)F)C(C=C5)CCC4)C2/C=C\1C3	TargetDiff	4O07	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68801	N=C1NCC2=C[C@H]([C@@H]3CC[C@@H]4OCC[C@H]4C3)C3=C(C/C4=N/CCCCCOC(=C5C=CC(F)=CC(O)=C5)N4N3)[C@H]12	TargetDiff	4O07	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68802	CC1CC2=NC(=N1)C1=CC(CN1)[C@H]1C=C(OC/C=C(\C=C3CNC(=O)[C@H]3C[C@@H](C)CO)O2)OC1	TargetDiff	4O07	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68803	CCc1c2c3c4c(cc1=NC1=NCCC[C@@H]1CO)CC(O)=C[C@@H]4[C@@H]1CCCCN1[C@@H]3C(OC)C2	TargetDiff	4O07	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68804	CC1C=CC=C(NCCC(O)C(CO)C2NC(=O)CC(O)C2O)C=C1.Clc1ccccc1	TargetDiff	4W9L	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68805	C=c1c(OCC)cc2c/c1=C\C#C/C=C1\C=C(C=C(C)C1)C(O)(O)C2CC(C)F.F	TargetDiff	4W9L	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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