DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68851 CC1=C=C(C2NC(C)=NC2C=O)[C]=C(C(CO)N(CC(=O)O)C(=O)C2=CC(F)C=C(F)C2)C=C1 TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68852 CN1C(=O)[C@H](OC(=O)C(C=CC(=O)C=C2O[C@@H](O[C@@H]3C=C(O)C=C[C@H]3F)CC[C@@]2(C)F)C(=O)CCO)C[C@@H]1[C@H](O)C(=O)O TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68853 Cc1ncc2c(n1)CC(C1CC(C(N)=O)C(CO)C1O)C(=O)C2 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68854 Cc1ccc(C(CCC(=O)C(NO)C(=O)O)C(C)O)cc1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68855 CCN1C(c2cccc(N)c2)CSC1(O)N1CCC(C(=O)O)C1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68856 CC1CC2CNC(NCC(O)C(CO)c3ccncc3C(=O)O)=C2N1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68857 CC1CC(O)C(O)C1OS(O)(O)NC(=S)C(C)(CCN)Cc1ccccc1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68858 O=C(OC1(S)OC2C=C(F)C=CC2OC1=O)C(O)C(O)CP(=O)(O)O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68859 CC(O)c1ccc2c(c1)C(CC(O)(O)NNc1ccccc1)CO2 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68860 O=C1C=CC(Cl)C(F)=C1C1COCCC2C(=O)OC(CO)C(O)CC2(O)C1O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68861 CC(C)CN(CC(O)C(O)CC(=O)O)C(=O)O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68862 COC1CC2=C(C1)C(C)C1CC(Nc3ccc(N(C)C)cc3NS(N)=O)=NC1=C2O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68863 Cc1cnc(NC(=O)C(=O)NC2(O)CCCC(C)C2O)c(O)c1O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68864 CNCP(=O)(O)NP(=O)(O)C1C2COCC2OC1C1CCC2CC=CN=C21 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68865 OC1=C(O)C(C(O)C(O)C2CN(C3C=CCC=C3)C3CC=NCC23)C=CC1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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