DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68896 O=C1CC(O)(C(O)CO)C(N2Cc3cccc(O)c3C2)C(O)CCCN1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68897 O=C(C1=NOCC2CN(C(O)(O)CC(O)CO)C(O)(O)N12)c1ccccc1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68898 C=CN(c1ccccc1)C(CO)OCCC(O)C(O)CC(O)C(=O)O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68899 O=C1NCC2CCCC(NC(=O)C3C(O)C(O)C(O)C3O)C3CC1C23 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68900 CC(=O)C(C)NC(=O)C1CC2SC3CCCC3C2CCC(c2ccccc2)N1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68901 COC(O)(O)C1Cc2cccc(c2)CNC(=O)CC2(CC(=O)O1)C(=O)c1ccccc1C2O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68902 CCC(CC(=O)O)OC1CC(O)(CO)C(C2NCC(CCC(=O)O)C2C)C(O)C(C)(O)O1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68903 NC(=O)C1C=CC(C2C=CCC=C2)C=C1CC1CC(C(=O)O)CC(N)(O)N1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68904 CNC1=CC2C3=NCCC=C(NC(C)CC(O)C(=O)O)N3COCC2C=C1C TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68905 CN(c1cccc(C(=O)NC(N)=O)c1)C(O)(O)c1ccccc1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68906 O=C(O)C(O)CCCC1C=CCC(Cl)=C1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68907 CC(O)C(O)C(CC(O)C(O)(O)CC(Oc1cccnc1)c1ccccc1)C(O)CO TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68908 O=C(O)CC(NC1C=CCC=C1)C(O)(O)N1CCC2C=C3CCCC3C=C21 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68909 CCC1CC(C)OC(C2C=C3NN(C)CC3C(c3cc(O)c(C)cc3O)CS2)C1O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68910 O=C(O)C1CCC(NCc2ccc3c(n2)C=CCC=C3)OC1O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

68896 to 68910 of 73725 items. Total 4915 pages.