Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68956	Cn1c(C2CCC2CCCC(N)=O)cnc(-c2cnccn2)c1=O	TargetDiff	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68957	N[C@H]1[C@@H]2OC3=C(C=C4CC(N=C5C=CC6=CCC=CC6C=N5)=NN4C3)N2C(=O)C[C@H]1O	TargetDiff	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68958	COC(=O)NC1C(=O)NC2C(C(CO)CC(C(=O)NC3CCC4CC3CO4)c3ccc(O)cc3)NC12	TargetDiff	4Y4J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68959	CC(Cc1cccc2ccccc12)N(C)c1cccc(C(N)=O)c1O	TargetDiff	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68960	CCCSN1C=CCC=C1.NC(=O)C1CC=NC2=C1C=CC(C1C=CCC=N1)N2	TargetDiff	4Y4J	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68961	CC1=CC(C(=O)CN)=CC2C=C3C(O)=CC=CC3C(=O)NC12	TargetDiff	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68962	CC(C)CC1OCCC2CC3(CC(O)CC3O)C(O)C2CC1N	TargetDiff	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68963	CC(O)(O)C1=CC=NC2=CCC(C3CNCC(O)=C3O)=CC21	TargetDiff	4Y4J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68964	OC1=CC(Cl)C=CC1	TargetDiff	6I67	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68965	O=C1NC=NC2CC=CC=C12	TargetDiff	6I67	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68966	OC1=CC=CC2=CNC=CC2=C1	TargetDiff	6I67	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68967	CC12C3CCC1N=C1CCC(F)N=C1C2CC3	TargetDiff	6I67	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68968	CC1=C(N)C(C)C(=O)C2=C1CCN2	TargetDiff	6I67	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68969	ONN=C1C=CC2=C3C4=C(CC[C@]45OCC[C@@H]5C2)C[C@@H]13	TargetDiff	6I67	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68970	COCc1ccc(C=N)c(F)c1OC	TargetDiff	6I67	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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