Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68971	CC12CCCCC3=NC(=O)C4C(=O)CC(CC1)C4C32	TargetDiff	6I67	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68972	C=C1CC[C@@H](NCCCCN=C2CCC[C@@H]3C(=C(O)Cc4ccccc43)C2)C1	TargetDiff	6I67	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
68973	CC12CCCCCC1C(C(=O)O)CC2	TargetDiff	6I67	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68974	COC1=CC2=C(C(C)N(C)Cc3ccccc3)CN(CO)C2=NC1	TargetDiff	4XIR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68975	CC1=Nc2c(CC[C@@H](CC=NCC3N=CCC=N3)C3CNC(=N)[C@@H]3C)cccc2CN1	TargetDiff	4XIR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68976	C[C@@H](O)CC=CC1=N[C@H]([C@@]2(O)CC3=CC=CC4C=C3C(=C=C(C(=O)O)c3cccc(c3)CN[C@@]4(CO)C(N)=O)N2)C=NN1	TargetDiff	4XIR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68977	CC1=CCC2(CCO2)N2C(C(=O)Nc3ccc(N)cc3C)=C3OCOC3C12	TargetDiff	4XIR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68978	CO[C@H]1C=CCC(CCCC[C@H]2C(=N[C@@H]3CCC[C@@H]4C[C@@H](O)[C@@H](C)CC[C@H]43)C(C)C(O)=CC2C)=C1	TargetDiff	4XIR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68979	C=C1/C=C\CC(N(C)CC)Oc2cccc(c2)OC2NC(C1)C1Oc3cnnc(C)c3CC1C(CC1COCC1O)CC2C	TargetDiff	4XIR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68980	CC1CCC2C3C1=CC(O)=CCC3C1C(O)=CCC=CC1N2C(=O)C1C=CCNCC1	TargetDiff	4XIR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68981	CCOC(NN(C#N)C1=C2CCCC2C(=O)C2C1=CC=CC2OC)c1ccccc1	TargetDiff	4XIR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68982	C=CN1C=C(C2C=CC(C)N=C2C)c2cccc3ccnc1c23	TargetDiff	4XIR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68983	CCC1CCCC2C1N=C1CCC(N)=C3C1C2c1cc(=O)n(C)c(=O)n1C3C	TargetDiff	4XIR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68984	CN(CC1C=CCC=C1)C(=O)C(O)CC(O)CNCc1ccc(O)c2c1CC(C(F)F)C1=C(F)CCC(=O)C12	TargetDiff	4ZX4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68985	CC1CCN(C(=O)O)CCC(CCO)CC2C=CCC(=C2)C/N=C2\NCC3=C(CCC3)N21	TargetDiff	4ZX4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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