DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69031 CCCC=C(C)OC(=O)[C@H]([C@@H](C)CCCCC)[C@H](O)C1CCCC1.O=C1CCCO1 TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69032 CC(=C=CC(O)C(O)CC1C(O)C(O)C(Cc2ccc(F)cc2)(CC(C)C)OP1O)C(=O)O TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69033 COC(C(O)C(O)C(NC(=O)c1ccccc1)c1ccccc1)C1CC(O)C1O TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69034 O=C1NNC(CCC(Oc2ccccc2)(c2ccccc2)C(O)Cc2ccncc2)O1 TargetDiff 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69035 CCC1CC(=O)C2CC(O)(C(CN)c3ccccc3)CC12 TargetDiff 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69036 CCCC1=CCCC(C(=O)NCCCO)C(N)(CCC(C)O)C1 TargetDiff 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69037 Cc1ccc(C(O)CN2CCCC(C)CCOC(O)(O)C(C)OCC(C(O)C3C=CCC=C3O)C2CO)cc1 TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69038 CC(C)C.CCNCC1C(O)C(O)CCC(C)OC(=O)N1CC1CCNC1 TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69039 Cc1ccc2c(c1)NCC(C(O)c1ccc(O)cc1)C(=O)N2.c1ccccc1 TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69040 CC(C)CC(C)C(C(=O)O)c1ccccc1.O=C(OCO)C(O)C(O)CO TargetDiff 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69041 Cc1nc2c(c(C3C=CC=C(O)C=C3)n1)CC=NC2=O TargetDiff 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69042 O=C(CC(O)C1CC2CC(=CC=CC2C(=O)O)C=N1)Nc1ccccn1 TargetDiff 5EY4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69043 CC1(O)CCC(C2NNC3=C2C=CC(O)C=C3)C2CCCN2C1=O TargetDiff 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69044 CC(C=O)c1cnc2c3c(cccc13)C=NC2 TargetDiff 5EY4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69045 C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1COC2C(=CC=C[C@H]2CN(O)C(=O)N=c2ccn3c(c2)C2=C=C(NNN=C2)ON3)O1 TargetDiff 5EY4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

69031 to 69045 of 73725 items. Total 4915 pages.