DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69091 CC(C1C=CCC(C)(C)C1)C(CN(N)c1ccc(CN)cc1)c1ccccc1 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69092 CC1C(CCO)CCN1NNC1=NC(CCC(F)(F)F)CN1CCC1C(O)C(O)C=C2C=CNCN21 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69093 CON1CCC2C(CCNC(C(C)C)C(CO)N(C)C(=O)Cc3cc(O)c(C)cc3O)C3C(=O)NC(C)=C3CCN21 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69094 CC1(O)CCC(CC(=O)NC(CCc2ccc3c(c2C(=O)O)CCO3)c2ccccc2)CC1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69095 O=C(NCc1ccc(Cl)cc1)C1=C(N2Cc3cccnc3C3CCCC(O)C3C2=O)c2ccccc2C1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69096 O=C1CC(CC2=C3C4=C(CCC4)SC3NN2O)C2CC(F)C(O)CC2C1C1CNC2CCC3N=CCC=C3CC2(O)C1O TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69097 CN(CCO)c1ccc2c(c1)-c1ccccc1C(Nc1ccc(CO)cc1)O2 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69098 Cc1ccc(C2(O)NC(=O)C3CC(C4=C5NC(=O)NC=CN5CN4)C3c3ccccc3O2)cc1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69099 Nc1ccc(C(F)F)cc1OC1CN(c2ccc(F)cc2)C(=O)N(c2ccc3c(c2)CC(F)(F)O3)C1 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69100 NC1C2=C(CNN2O)c2ccccc2C1CN1C(=O)C(C(=O)C2CC(O)=C(Oc3cccc(F)c3)C2)=C2C=CCC=C21 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69101 COc1nc(=O)n(CN2OCC3(C)CC(O3)C3=CC(ONC(=O)c4ccc(C)cc4)NC(=O)C32)c2ccccc12 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69102 CCN1CCC(=O)N(C(C(C)N)C(C)CC(NC2CC3=NC4=CC=CC5=NC(C)=NC2N3C45)c2ccc(OC)cc2)C1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69103 CCCC(=O)C1CN(C)C(C2CCCC2c2cnc3ccc(C(N)CO)cc3c2)=N1 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69104 CC1CCC(c2ccc3c(c2)C(=O)CC3=O)=C2OOC(C3CC4=C(CC4)C3)C2C1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69105 CCC(C)C1(C)CC(=O)C2CC(CC(=O)N(Cc3ccc(OC)cc3)C(=O)CC(=O)N3CCOC3)SC21 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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