DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69121 CCCNC1(CC(C)OO)CC2=CCC=CC2c2cc(CN(C)O)c(CO)cc21 TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69122 CCCCN(CN(CC1CCO1)C(=O)CO)[C]1N=C2C3C=CNC(=O)C3C=CN12 TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69123 CC1Cc2ccc(cc2)CCNCCC(C)(NC(=O)N2CNC(c3ccc4c(c3)CCCO4)C2)CCC2CCC1CC2NN TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69124 CC(CO)C(O)CC1CN2CCCC2CN(C2CNC(C(O)C3CCNC3)C2)C(=O)CC1C TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69125 CC(C)(NCC(=O)O)C1=NC(=C=CC2=C(C3CC(O)CN3)C(F)CC2)C=NC1 TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69126 C[C@@H](O)CC=C[C@H]1CCC[C@@H]2CC(CO2)O[C@@H]2COCC/C2=[C]\C(=O)N2[C@H](CO)C[C@@H]3C[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)[C@@H]1O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]32 TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69127 CC[C@@H]([C@H](CCCCC1CCCN1)NOC1CC[C@@H]([C@](N)(O)CN=C2CC=CC(=O)N2C)C1)[C@H](O)[C@@H]1CNCCCNC1=O TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69128 CC1(CO)OCC(O)CCCC2CCC(CC2)C(O)C(C(=O)O)C(=O)OC2COC3C(=O)OCCC(O1)C3O2 TargetDiff 6NP2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69129 CCC(O)C(=O)C1C(=O)OC(CC(C)O)n2c1nc1c2NC2=CC3CCC3C(=O)N21 TargetDiff 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69130 CCCC1=C=C(F)/C(O)=C\C2=C(C1)C1=CC=CC=CC1O2 TargetDiff 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69131 OC1C2CCC2=C=C2/C=C3/C=CCC=C3C3CC4CCCCC1C4C(C2)C3 TargetDiff 4Y2Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69132 COCC1=CC(C2=CCC(F)(F)C=C2)C2=C(C1)NN(Cc1ccc(CO)cc1)C2 TargetDiff 4Y2Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69133 CC1N=CCc2cc(N3CC(c4cccc(F)c4F)CC(NN)C3=O)cnc21 TargetDiff 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69134 O=C(O)C1OC2C(C1O)N(CO)C1N=CC3C=CCC=C3N21 TargetDiff 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69135 CNc1cnc(OC2=C3NC=CCN(C)C3=NC2)c(-c2ccccc2)n1 TargetDiff 4Y2Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

69121 to 69135 of 73725 items. Total 4915 pages.