DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69181 C1=CCC2=NC3=Nc4ccccc4OC3OC2=C1 TargetDiff 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69182 O=C1c2cc(C(F)F)ccc2CN2C1CC1C(c3ccc(F)cc3)CC12 TargetDiff 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69183 O=C1C2COCCC2C1CC(O)C1(O)C(O)C(O)C2C(CO)CCC21 TargetDiff 5IOZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69184 CC1C=CC2=c3ccc4c5c3=C(CCCC5CC4C3CCCC4CCCCC4C3)C2=C1 TargetDiff 5IOZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69185 CC1CC2CNC3C(=O)C4C5=C(Oc6ccccc6C5C)ON4OC3CC2C1 TargetDiff 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69186 O=C1NC2CCC=C[C@H](C2)NC1=NCc1ccccc1F TargetDiff 5IOZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69187 CC1C2=C=c3cnc4ccccc4c3=COC2C(=O)Nc2cc(C3CCCNC3)ccc21 TargetDiff 5IOZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69188 Cc1c2c(c3n1C(c1ccccn1)C(O)C(CCCC(=O)NC(N)=O)N3)CNC2=N TargetDiff 4RRG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69189 N=C1NC(C=C2C(=O)N([C@@H]3CCC(C(=O)O)C3)C=C([C@H](O)C[C@@H](O)CCO)C2=S)CC1O TargetDiff 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69190 CCN1C(=O)C(N)=C(CN(O)COc2ccc(C(N)=O)cc2)CC1=N[C@@H]1CCC=C[C@H]1OC TargetDiff 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69191 CCC(N)CCC(O)C(CCCCC(=O)O)C(=O)C1C=CC(C)C(O)=C1 TargetDiff 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69192 CC(CC(C(=O)O)C(O)(NN1CCCCC1)OCC1C=CC=NC1=N)C(=O)O TargetDiff 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69193 CCC(CC(=O)OCC1(O)OCC(OCC2CCC(O)C(O)C2O)C2(O)C(O)CC12O)c1cccc2c(N)cccc12 TargetDiff 4RRG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69194 O=C1NC(O)(CCC(O)CO)Nc2nc3ccccc3cc21 TargetDiff 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69195 N=C1N=CCC(CCC(=O)N2CC3=CC(=CCC3)CCNC(=O)C3CC(=O)OC(N3)C2=O)=N1 TargetDiff 4RRG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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