DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69196 COCC=C(NCc1cc2c(nn1)NCC=N2)C1CCC(CO)O1 TargetDiff 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69197 COc1ccc(C2CC(C(O)CP(N)O)C(C)N3Oc4ccccc4C23)cc1 TargetDiff 4RRG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69198 NP(=O)(O)COCC(C(=O)NC(=O)C(O)(CO)CCC1C=CCC=C1)C1C=CC(=O)N=C1 TargetDiff 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69199 CC(=N)C1=CCC(C(F)=C=C(O)C2C(=O)N=C3NNCC3=C3OCC(CC(O)P(N)O)ON32)NC(=O)C1.NC(=O)OC=O TargetDiff 6HH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69200 COC(O)C(N)C(O)C(O)C(O)C1(OC(O)CC(O)C(O)N2CC(=O)N(C)C=N2)CCCCCNCN1 TargetDiff 6HH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69201 CC(=O)N1CC(N)OCC1P(=O)(c1ccc(CO)cc1)C(O)CP(=O)(O)OC(=O)CC1OC(C(=O)O)C(O)C2NC3CCOC3C12.c1ccc(N2CCNN2)cc1 TargetDiff 6HH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69202 CC(O)CCCCCN(CNC1=CC=CC(C(O)C(C)O)C=C1F)C(C)CCC(N)=O.CCCNCO TargetDiff 6HH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69203 N=C1CC(COC(NCC(NP(=O)(O)C2CCC=CO2)C(=O)O)c2ccncc2)CCN1 TargetDiff 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69204 CC1C=CC(C2=C(C(O)CC(N)(CO)CCc3ccccc3)C=CC(CCCCC3CN(C)C(C)S3)C2O)N=C1 TargetDiff 6HH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69205 NC1=C(C2(O)NC(C3OC(O)C(N)C3O)c3ccccc32)C=CCC=C1 TargetDiff 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69206 NCCC(Cc1ccccc1)NC(=O)NC(=C=C1NCC(F)N1)NC(=O)C(O)c1ccccc1O TargetDiff 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69207 CCC(O)C(CN)(CO)OC(=O)C(O)C(O)(O)CC(O)CO.O=P(O)(O)O TargetDiff 6HH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69208 CC1CC2=C(C=CC(Cl)C=C2)C1O TargetDiff 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69209 N=Cc1ncc(=O)c2c3c1CNc1cc(ccc1O)C(C=N)/C=C\C1=C(C3)C(=C2)CN1 TargetDiff 6G34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69210 CC1NC2(NCC(O)C=CO2)N(C2C=CCC=C2)C1=O TargetDiff 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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