Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69136	CCNC(=O)[C@@H]1C[C@@H]2C[C@H]([C@H](F)C=C(F)F)C3=C2[C@H](C[C@H]3[C@@H]2CC[C@H]([C@H](O)CC(CF)CF)[C@](C)(O)[C@H](CCC(F)F)C2)[C@@H]1O	TargetDiff	4Y2Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69137	CN=C1C[C@@]23CC[C@](C)(O)[C@@H](NC4=C5C(NC6=NC(=N1)[C@@H]2N65)[C@@H](c1ccccc1)CO4)OC3	TargetDiff	4Y2Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69138	CCNC(=NC1=CC2=CCC3NN/C=C\NC4=C3C2C(=C1)C(O[C@@H]1CC=CCCC1)=C4)NN=CO	TargetDiff	4Y2Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69139	CCNCN1C(=O)C2CC(C)(F)NC2c2ccccc21	TargetDiff	5NLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69140	CCc1ccc2c(c1)C(=C=CNc1cc(O)ccn1)N(O)S2	TargetDiff	5NLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69141	NCC(O)c1cccc(C2CCCC3=C=C2CC(c2ccccc2)N(O)C3)c1	TargetDiff	5NLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69142	F.O=C(O)C(=c1nc2c3c(nc4cccc(n1)c4=3)NC2)[C@H](F)C(F)=NC(F)F	TargetDiff	5NLK	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69143	COc1ccc(O)c(O)c1	TargetDiff	5NLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69144	CC(=O)NNCC12CCCC(C)C1C1=C(CC(OC3=CCC=CC3)=NC1)C2	TargetDiff	5NLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69145	CC(O)C(O)C1CC2=C(OC3C(F)=CC=CC3C(=O)N2O)S1	TargetDiff	5NLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69146	CN(C(=O)C1CCCC1)C1CC2CCCCN2C(O)(c2cccnc2)C1	TargetDiff	5NLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69147	CC1(C)OCC(C2C=CC=C(C(=O)CN)C=C2)O1	TargetDiff	5NLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69148	CCC1CCC2CC3C(CCC(O)C3C)CCC(O)C2C1=O	TargetDiff	5NLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69149	NC1(O)CCC2C=C3NNCC3N=C2C1(O)O	TargetDiff	5NEA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69150	NCC(CC(=O)S(F)(F)F)C1NCC=C(N)C1CN	TargetDiff	5NEA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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