DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69256 CC1CCC2NC3=NNC(CNc4ccc(NC(=O)O)cn4)=NN3C2C1C TargetDiff 5E74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69257 CN(C)C1CCC2C(CC3CCC(C(=O)O)C3)OCCN21 TargetDiff 5E74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69258 CCNC1=C2C(=CCNCC2C2=CCC=C(CC(=O)O)C2)CC1 TargetDiff 5E74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69259 CCCC(=O)C=CN(C)CCNc1cc(C(=O)O)ccn1 TargetDiff 5E74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69260 N=C(N)C1CC2C(CO)CCC3C(C(=O)O)CCC1C23 TargetDiff 5E74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69261 C[C@H]1C[C@H](O)C(N=C2NCCC[C@@H]2C(=O)NC[C@@H]2CNC(=CN)N2)=C[C@H]1O TargetDiff 5E74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69262 CCCOCCCC1=CC(C(C)COC)C(=O)N=C1 TargetDiff 5E74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69263 CC(CO)CC1C(=S)CCC1(CO)CO TargetDiff 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69264 C[C@H](C(=CC[C@H]1CNc2ccccc21)C(=O)O)N(C)C TargetDiff 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69265 COC1=CC=C2OCC=C=CC(=N)c3ccccc3OC3CCCCCCC(=O)NC1C2CO3 TargetDiff 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69266 O=C(O)Cc1ccc(CC23CCCC(CC2)CC3)cc1 TargetDiff 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69267 O=C1OC2CC(F)=CC3CC(O)C1(NC1CCCCC1)C32 TargetDiff 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69268 O=C1CCCC2CCC(O)C(C(O)CC3CCC(CO)C3)C12 TargetDiff 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69269 Cc1ccc2c(n1)N=CN=C1C2CCC1C1CCCC1 TargetDiff 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69270 CC(CO)(CO)CC1CCC2CCCCC2=C1O TargetDiff 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

69256 to 69270 of 73725 items. Total 4915 pages.