DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69316 CC1C=C2Cc3cc4c(cc3N2C=N1)C1COCCN1C=C4 TargetDiff 4CS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69317 C1=CC=CC(Nc2noc3c2C=CCC=C3)C=C1.NCCl TargetDiff 4CS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69318 O=C1Nc2cc(F)nc(c2)CC(Oc2ccccc2)Cc2ccc(F)c(O)c2O1 TargetDiff 4CS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69319 CC1C(=O)C2C3=C(C=CC(F)C=C3)OCC3CCC4=C3C2C(C4)C1C TargetDiff 4CS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69320 CCC1CCCC(N)C(O)ON2C(=O)C(C)=C(C(C)OCCCCCN)C2C1 TargetDiff 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69321 CC(C)=C=CCCC1c2cc(=O)nc(CCCCC3=NCCN3C)n2C(C)C2CC3CNCC12O3 TargetDiff 5I3X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69322 COc1cc(C)c2c(c1)CN(CC(O)C(O)NC(C)=O)C1=C(Cc3ccccc31)N2.O=C1CCON1 TargetDiff 5I3X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69323 COCN(CCCCC(O)C1OC2C3=C(C=CC=CC3)CC2C1C1C=CCC=C1)C(=O)OC TargetDiff 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69324 Cc1cc(C(Cc2ccccc2)C(C)C)cc(CC2(O)N=C3NC(=N)C=CC4C=CC=CC2=C34)n1 TargetDiff 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69325 CC(CO)CCC1OC2C(CC3C(N)CC4=C(CCCO4)N3CC(C)CCCO)CCC3CCCC1C32C.CC1(C)CCC(=O)C1 TargetDiff 5I3X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69326 Cc1c(O)c(F)cc(C(=O)C2CC(=O)C3CC4CC2(C)C(C3)C4O)c1F TargetDiff 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69327 CCC(C)=C=C(CCCN)C(C)C(C)CNCC(O)CCCN TargetDiff 5I3X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69328 CCCC[C@H](O)[C@H](NC(=N)Nc1cccc(C)c1)C(CCC)=NCCC1CCCC1 TargetDiff 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69329 CC(C)(O)CC1(Cc2ccccc2Cl)CC(CC2CCC(C(=O)O)CC2)C(=O)N1.Clc1ccccc1 TargetDiff 5I3X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69330 O=C(O)NCC(=O)C1=CCC2CC3C(CC(O)C4CNC3O4)N=C2C1 TargetDiff 3WZN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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