Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69346	O=C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)O	TargetDiff	5LNE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69347	COC(O)c1c(C2CCCCN2)cccc1N1CCN2C(CCCN2C(C)=O)C1	TargetDiff	6NXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69348	c1ccc(N2CC(C3=N[C](C4CCCC4)NN3)NN2)cc1	TargetDiff	6NXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69349	C[C@@]1(O)CCNC(=N)[C@H](NC=C(O)C(F)(F)[C@@H]2CCCNN2N)[C@H]1O	TargetDiff	6NXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69350	O=C1CC=C(C2C(N3CCCN3)=NCC2OCCC2CCCCCC2)C=N1	TargetDiff	6NXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69351	O=C1COC(CC2(O)CCCC(O)C(OO)C2)N=NC1C(O)CO	TargetDiff	6NXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69352	CC1NCC(C2C(CC3CCC(C)(C)C(C(C)(C)O)C3)CC3CC(CO)C(=O)C32)=C1O	TargetDiff	6NXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69353	CC(=O)NCN=C1N[C@@H]([C@@H](O)[C@@H]2C=C(O)[C@H]3CCC[C@]3(C)N2)[C@H](F)C1(F)F	TargetDiff	6NXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69354	CCCCCCNNC.FC(F)(F)C(F)(F)F	TargetDiff	6NXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
69355	CC1(C)CC[C@@H](NCC[C@H](CC=C(F)CF)Nc2ccccc2)C1	TargetDiff	6NXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69356	CC(C)(O)C(O)CCCC12CCCC13NC1=NC(O)(O)CC1C3C2	TargetDiff	6NXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69357	CC1=CC(C2COC3=C2c2c4c(oc2=CC3)=CC=CC4)=CC(Cl)C1F	TargetDiff	5I9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69358	Cc1nccc2c1C1CC(F)C3=CN=C4C5=C(C=C6CC(C)NC64)N(C4C=CCC=C4C(=O)NC1=O)C2C35	TargetDiff	5I9X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69359	CC12CCc3cnc4cc3CC1C1CC(OCC1OC2)C(O)(OO)C1CCN(CC1)C1CC=C/C(=N/4)C1	TargetDiff	5I9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69360	CC(=O)NC(=O)NC1=c2c3cnc(C)cc3c3n2C(c2cc(CCN4CNc5ccccc54)cnc2N=3)C1Cc1ccc(C(N)=O)cc1	TargetDiff	5I9X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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