DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69406 CCC(C(O)C(O)C1=C(O)C(C2C=CCC=C2)C=C(F)C=C1)C1CNC(=O)C(C(=O)O)C1C(C)CO TargetDiff 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69407 CC1OC(=O)CCCCN(C(=O)CN)C2COCCC23CC2C1CC(C)(C)C2C(F)C(=O)O3 TargetDiff 5Y13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69408 COc1ccccc1C(O)CC1C2CC=CC3C=CCC(OC(=O)C(O)C(CC(=O)O)C(O)C(=O)N1CO)C32 TargetDiff 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69409 O=C1C2CCCOC(O2)C(C(=O)O)C2CC3CC(CCCCCC3CCCCC2O)C1CO TargetDiff 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69410 CC1(C)CCCN1C(=O)Cc1ccc2c(c1)C1N(C=CC(=O)N1O)NC2=O TargetDiff 5Y13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69411 CN1CC2C3=C(CCC3C(O)C(O)(O)CCOC3(O)CCCNC23)C1=O TargetDiff 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69412 Cc1ccc2c(c1)OCC1CC(O)CC1N2N1C=C(CC(=O)O)CCC1C TargetDiff 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69413 CC1CC2C3C4C5C(C)CC(O)C4(O)C(CC(C(=O)O)CCC(CN)C(O)CCC25O)CC3(O)C1 TargetDiff 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69414 O=C(O)C(O)C1CCOC1C1C=CCC=C1 TargetDiff 5KAB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69415 CC1=C(C)OC2=C(CC(O)C(O)(O)C2CO)N1 TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69416 O=C(O)C1CC(CO)OC1OC(=O)P(=O)(O)O TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69417 CC(=O)CCC1OCC(P(=O)(O)O)C1C(=O)O TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69418 O=C(O)C1C(O)C(O)C2CC(C(O)CO)CC21 TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69419 O=C(O)OC(O)(O)CC1CC(O)(C(=O)O)C(O)C(O)C1O TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69420 O=C(O)CC(O)CC(O)C(=O)O TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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