DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69421 CN(CCO)C(N)P(=O)(O)O TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69422 O=C(O)C1(O)CCCC(O)(O)C2CSC2CC1O.[CH]=NO TargetDiff 5KAB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69423 O=C(O)C(O)C1C2CCCOC2C1C(=O)O TargetDiff 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69424 CC1CCC2C(C)C(=O)C3(O)CC4CC(CCC1C23)C(C(C)(C)O)C4 TargetDiff 6AJZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69425 CCC1CC(=O)C2=C1CCC2Cl TargetDiff 6AJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69426 CC(O)=C1C[C@H](C)[C@H]2C(=N)NNC3=C(NC=CC3)C2=N1 TargetDiff 6AJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69427 COC1=c2c(c3c(n2C=O)CCCNC3=O)=CC(C)C1O TargetDiff 6AJZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69428 CC1CCCC(=O)NC2C=CC=CC3=C2OC2C(=O)N(CCCC(O)C(C)(O)OC1)CNCCC32 TargetDiff 6AJZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69429 CC1CC2CCC(O)C(O)C(O)CC(O)C3CC(C)(F)CCC2(C1)C3C TargetDiff 6AJZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69430 CC(CCCC[P](=O)O)N(C)C1N=CC=C/C1=[C]\C(=O)O TargetDiff 6AJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69431 CCNCC(C)NCC1C(N2CCCC2)=CC(c2ccccn2)=C(C=O)C1C TargetDiff 6AJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69432 CC(O)CCC1CC(CO)C2CC(=O)C(C=N)C2C1 TargetDiff 6AJZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69433 CC1C(=O)C2CC3C1CCC1CCCCC1C3NC2=O TargetDiff 6AJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69434 NC1C=NC2CCCCCC2C1 TargetDiff 5OH2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69435 CC(C)(F)C1CC2OC3=C4CC(CCN)C(=N)CC4C(O)=C3C(OF)C2C1=O TargetDiff 5OH2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔

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