Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69481	CCCC1CC(P(=O)(O)CC(=O)O)CC(CN(CC(N)=O)c2ncc(Cl)cc2CC)C1CO	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69482	CC(O)C(O)C(O)C(C)C1(O)CC(C)C(C)CC2C(O)CC3C(CC(=O)O)CC3C2C1(C)C	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69483	[O]S([O])(Nc1ccccc1)C1C(=O)N2CC(CO)CC3(O)C=C(Cl)C=CC1=C23	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69484	CCCNC.O=C(c1ccccc1O)C1C=CCC2=C1COC(=O)N2C1=CCC=CC12CCc1ccccc12	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69485	CC1=NCC(C(=O)NC(=O)CC(CO)NCC(=O)O)=CC1	TargetDiff	5NWI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69486	CCCCC[C@@H](NOCC(=O)OC)O[C@H](C)C=C(O)[C@@H](O)O[C@H](C[C@@H]1CCNC(=O)[C@@H](C)[C@H]1C)C(=O)O	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69487	CCC1C(O)C2CC(C)OC(C2)C(=O)OCC#CC2C=C3C(=CC(O)=C(O)C3O)CCC2(O)CC(OC)C1O	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69488	CCCC1C(O)=C2C(=O)C(CCCCN)CC2C(C(C)C(=O)O)C1C1CCC(OC)C1	TargetDiff	5NWI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69489	C[C@@H](C(=O)N1CCC2=C1C=CC(=NC1C=CC=CC=C1)C2)C(C)(C)O	TargetDiff	5CQT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69490	CCC1(C)C(C)CCC2NC3CCCCCC2(C3C)C1C	TargetDiff	5CQT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69491	Cc1c(O)c2c(c(O)c1=C1C=CCC=C1)C=C[C@H](F)C=2	TargetDiff	5CQT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69492	CN1CC2C3C=CC=C4C(=O)C5=C(C43)N(N=CC5)C(CN3CCCC3)C(O)C2O1	TargetDiff	5CQT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69493	O=CC1=C2C(=O)CC3=CC(CO)C(CO)=CC3C2CC1N1CCC1O	TargetDiff	5CQT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69494	CC1CCC(c2cccc3c2N=C2C=CC=CC2C3=O)C1	TargetDiff	5CQT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69495	CCC(N)C(NC(=O)c1ccccc1)C(C)C(CC(=O)O)C1CCCN1	TargetDiff	5CQT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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