DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69541 O=C1CC(F)C(O)CC(C(=O)N(CCO)CC2CCCCC2O)O1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69542 NCCC1C=CCc2cc(Cl)ccc2C1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69543 C=CCCC(CCCCCl)CCC1C(=O)N(CC2CC(O)COC(O)C2O)C(=O)C1(C)CO TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69544 O=C1N2C(C3CCc4ccncc43)=NC3C2=C(CC3C2C=CCC=C2)C2Cc3ccc(F)cc3CN12 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69545 O=C1CCCCC1N1CCC2=C(O)CC(C3C=CC=NC=C3)C2C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69546 CC12CCCC=C1OC1OC3C(OC4CCCCCC4)CC4=CCCC(C)(C1N2)C43 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69547 O=C1C2CC3CC2CC12NC1=C(C4=C5NC6=CCC(C(F)F)=CC6C=CN5CN4)CCC1=C32 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69548 c1ccc(N2CCCCC3C2=NC2=C3CCC2)cc1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69549 CC(C)OC1CC2N=c3ccccc3=CN2C2CC(F)C(O)C(C)C(O)C(=O)N2C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69550 CC(O)C(O)(CC1CC2=C(CC=C3CCCC3=C2)O1)C(O)CCOC1=C(O)C=NC=CC1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69551 O=C(NCC(O)CN1CCC(F)(F)CS1)c1ccccc1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69552 Cc1cc(C(F)F)cc2nc3n(c12)C1CCC(CC3c2ccc(CO)nc2)O1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69553 CC1C2=C(C3=C(CC4=C5CCCC5OC43)N1C(C)(C)O)N1CCC(O)C1C2 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69554 Cc1cc2c(cc1C)C(C1CCC(O)C1O)COC2 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69555 O=C1COCCN1C=C=CCC(F)COc1cccc(Cl)c1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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