DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69556 O=C1Nc2ccccc2NC(C2C=CC=CC=C2)C1Oc1ncccc1O TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69557 CC1(O)CCC(c2cc(F)c(C(=O)O)cn2)(C2CCCN2C(=O)C2C=CCC=C2)CC1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69558 CCC1=CC2=C(C3=CN4CN=C(C)CC4=CC3F)NC3CC(F)(F)CC=C3N2C=N1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69559 Fc1ccc2c(c1)NC1COCC(CC3C=CCC=C3)C1=N2 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69560 CC1CC2OCCCC2CN2Nc3ccccc3C2C1C TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69561 CC1CCC(CC2NC3=CCC=CN3C2=O)C1CCC1=CCCCN1C TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69562 CCCOc1cccc(N2CCCCCC2=O)c1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69563 CCC1C=C(N(CCl)C2CCCC2O)CC1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69564 O=C(O)C1=C(F)CC2C3C=CC=CC3C(=O)N=C(CC3C=CCC=C3F)N2C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69565 O=C1C(F)C(F)OC2CC(C3=CC(c4ccncc4)C=CC=C3)C=NC12 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69566 CC1CCC(C)(C2CC(O)C3C2C(=O)C2C4CC5CCC6OCCC5(F)CC64CC4CCCC423)C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69567 CC(C)c1ccc2c(c1COc1ccccc1)CCOC1CCC(O)CC(=O)C21F TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69568 Cc1ccc(C2CC3(CC4CC(F)CCCC4(C)C3)C(C3CCCCC3)C2(C)O)cn1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69569 CC1=CCC2=C(ON3CC(F)(F)C(O)C23)C1C1=CCC(F)=C(C(F)F)C=C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69570 C1=CCC2=NC3Oc4ccccc4C4CCOCC(CC2=C1)N34 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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