Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69571	CC1=CC2=NC3=C(C4=CCC=C(F)C4)NCCCC3OC2C=C1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69572	CC1=CC(c2ccccc2)C(OCC2=CCCCO2)=CC1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69573	N=C1N=C(CC2C=CC=CC=C2)C2C=C3N=CCC=CC3CC2=N1	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69574	COc1ccc2c(c1)CCN2C(CCO)C(=O)NC(C)=O	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69575	FCC1=CNC(NCC2NNC3CC(c4cc(F)c(F)c(F)c4)CC23)=CCC1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69576	O=C1C=CC(CC2Cc3cc(O)ccc3C3C4=[PH](C=C(C(F)(F)F)C(F)=[SH]4)ON23)C=C1F	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69577	CC(CC(F)(F)F)NC(=O)C(O)C(C(O)c1ccc2c(c1)NC(O)CC2)N(O)O	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69578	O=C(N=C1SC(Cl)CC1O)OC(=O)OC(F)F	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69579	OCCCOC(CNC1CCOCCC1O)OCC1=C(O)CC(F)C1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69580	CC1CCCCCC1NC(CC(O)CCO)OC(=O)C1CC(F)C(CF)=CN1C	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69581	O=c1c(N=CC(F)(F)C(F)F)c2c(nn1-c1ccccc1)CC=CC2	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69582	O=C1CC(F)C(O)C1C1CCC(CC2CC(F)(F)CCN2)N1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69583	CC(=O)C(CCNc1cccc(=O)cc1)C(=O)NC(=O)C1CC=C(F)C=CC1C(=O)O	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69584	CC(C(=O)NC1CC23CCC(CC4C(CC5C=C(F)CC=C5O)CC1C42)C3)N1CCC1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69585	CN1C=CC=C2C=CC(N3C(=O)N(CC4CC(O)CO4)C(=O)C4NC5=C(C=CC(C(F)(F)F)C=C5)CC43)C=C21	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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