Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69511	N=C1CC=NC(=O)N1.NC1=C(N2CNC(=Nc3ccc4c(c3)CNC(CF)C4)C2)CCC1	TargetDiff	5VL2	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69512	CC=CC[C@@H](C)NC1=NC=CC2C=CN(CCc3cnc4c(n3)CCC=C4C(C)C)C(=O)N=C12	TargetDiff	5VL2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69513	CN1CCCCCC1.NCCN1C2C=C(C3=CNC(c4ccccc4O)C3)C=CC2=C2C(O)CC(O)=CC21	TargetDiff	5VL2	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69514	CC1C2=C(CC(C(=O)NNc3cccc4c3C=CCC=C4OC=N)C2)C(=O)N1O	TargetDiff	5VL2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69515	N=C1c2ccccc2/C2=C/CNC(Oc3ccc(F)cc3)CNC12	TargetDiff	5VL2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69516	CC(C1=CC2CC3(C(O)C(=O)NC4=CCC=CC4=C=O)OC(=O)CC3C2C(F)C1)C(O)(F)F	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69517	CC1=C(O)C(NC(=O)c2ccc(CN)cn2)C2C1COC2c1ccc(F)c(F)c1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69518	Cc1cnc(-c2ccccn2)c(Cl)c1	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69519	N=C1NC=CC2C1N1c3ccc(Cl)cc3CC1N2c1ccccc1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69520	FCC1C=CC=C2C(=C1)OC(Cc1ccccc1)N2CCc1ccc(OC(F)F)nc1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69521	OC1CN2C(C=C1F)CC(c1ccc(F)cc1)C1C3CCC3CC12	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69522	NC(CO)C(O)COC(=O)CCCc1ccccc1	TargetDiff	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69523	CC1CCC2=C3C1=CC(C(F)(F)F)=CC3C1=C2CCCC1	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69524	CCC1CN2CC(c3ccc(F)cn3)C3Nc4cc(O)c(O)cc4C3C2O1	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69525	CC1(C)CCC=C(C2=CC(NC(C)(C)C)C(=O)N(c3ccc(F)cc3)C2)CC1	TargetDiff	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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