DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69526 OC1=C(F)CN=CC1NC1Cc2ncccc2C(Cc2ccccc2)C1 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69527 C1=CC=CC(Cc2ccccc2C2CC3NCCC=C3O2)C=C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69528 CC1CCC(CCC2NCC(C3C=CC=CC=C3F)=CC23CCO3)C1=O TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69529 O=C1OC2=CC(F)(F)C=CC2C=C2C(Oc3cc(F)c(F)cc3O)c3ccccc3C12 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69530 CCCC(O)CC(C)c1ccc(CC)cc1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69531 O=C1CC2Nc3ccncc3C3C2C(=C2c4ccccc4C(=O)N23)N1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69532 CC1C=C(C2CC(OC3OCCC3O)C(O)C(C3CCC(O)C3)O2)C(C)CC1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69533 CC1C=CSC(CC(C)(C)C(=O)C2CC=C(NO)C(=O)C2)CC1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69534 CC1CCN(C2CCCCC2=O)C2=Nc3ncccc3CC21 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69535 CC(C)CN1C(=O)C(c2cc(F)ccc2O)CC1C TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69536 CC(C)C1CC2CCC(O)CCC2N=C2C1SC2C(F)(F)C(F)F TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69537 O=C1C2CCCCN2c2cc(C(F)(F)F)ccc2C2=[SH]CC(O)C(O)CN12 TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69538 NC(=O)C1COC2c3ccc(O)cc3ON=C(c3ccc(F)c(F)c3)C2(O)C(O)(CF)C1 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69539 O=C1NC2=C(CC=C(F)C2)C2CCC(c3ccccc3)C(OC3COc4ccccc43)N12 TargetDiff 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69540 CCC1C=C2CC=CC(C3CCC(F)S3)=C2OC1=O TargetDiff 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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