DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69451 CC(C)(C)CCC1CCC2CC(COCOC(O)OP(=O)(O)O)C(=O)N2O1.O=[P](O)O TargetDiff 5BTV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69452 CNC1=NNC(OC)C1C1NC2=C3CC=CN=C3N=CC2C1N TargetDiff 5IA3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69453 O=C1NNC(C2Cc3ccccc3CN2CN2CN=C(Nc3cccc(O)c3)N2)C1Cl TargetDiff 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69454 C[C]1N=C2NCNCC3C(C=C=C2N1)C(C)C1CC(C)(C)NC13 TargetDiff 5IA3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69455 CC1CC/C2=N\C(=O)CC=C=C3N=C4C(=NN=C5SCC(=C3O)C54)CCC21 TargetDiff 5IA3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69456 ClC1CNC(CC2C=NCN=CC2)C1 TargetDiff 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69457 CC(CO)OC1N=CN=C2CNC(=N)C2=N1 TargetDiff 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69458 CC(=N)N=C1C=CC=C(C(=N)N)C2=C3C=CNC=C3N[C@@H]12 TargetDiff 5IA3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69459 CCCCCN1CNC2=NC(=N)NC(=N)C21 TargetDiff 5IA3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69460 CCC1NC2=C3C=C(/C=C\C4=C(NNC4)O1)C(C1CCCCCC1O)N=C3C=CO2 TargetDiff 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69461 Cc1ccc2c3c(nc4c2c1CN4)CC(Cl)C3 TargetDiff 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69462 CC(C)C(C)NCC(C)(C)C(C)OC1CN2C(=C1C(N)=O)N=CC(=O)c1ncccc12 TargetDiff 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69463 N=C1N/C=C(Cl)\N=C2\CC(N(CCOCC(F)F)c3ccc(F)cc3)CN2C1=O TargetDiff 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69464 CC1=C=C(C2CCCC2)N(CNC2=CCC(=O)N(C)C2)CN2CCC(O)C2(O)C/C=C\1 TargetDiff 5UMY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69465 O=C1CCNC(c2ccccn2)=C=C2C=CC=C3C=CC=C1N23 TargetDiff 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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