DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69601 CC1CC2=C(C1)C(S(C)([O])[O])C(C)C2C(=O)N1C(C)CC2C=NC3=C(C(=O)CCC3)C21 TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69602 CCCC(C)CC(Cc1cccc2c(O)c(Cl)ccc12)C(C)CC TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69603 COCC1CC2=C(F)CC(C3C=CC4CCCC4c4ccccc43)=C2C1 TargetDiff 6B4U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69604 CCC1CC23CC/C=C\C4NC(=NC4=O)CCC(O)(CC2)CC3CC1O.CCCC(CC)C(C)C TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69605 CCCC1C2CCC3C=C(F)C=C(F)/C3=C\C(C(F)CF)C2=CC(OC(C)c2ccccc2)C1O TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69606 CC1=C2CC(=O)OC3C2C(=C(C)C2(CCCCC4C=NCN=C4)C3ON2C(=O)C2=CC(C)OC(C)(C)C3CCCC23)C=C1 TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69607 O=C1OCC(O)C2c3ccc(F)cc3CC2C1c1cccc(F)c1 TargetDiff 6B4U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69608 CC(c1cc(O)c2cccc3c4c(c(C=O)c1c23)C=C=CCC=C=4)C(Cc1ccccc1)Cc1ccccc1 TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69609 CC(C)C1C=C=C2C(CCN2C)C(N2NNC3=C4C=CCC=CC4N=CN=C32)=C=C1 TargetDiff 6B4U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69610 C=C1C2CC3(C)CC2(O)CCC13CCCC(CN(F)N(CCC)C(C)CF)C1C=C(C)C=C2C1N=CC1C3=C(C=C(C)C21)C1CCC31 TargetDiff 6B4U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69611 CC1NCCCC1NC(N)=O TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69612 C1=NC=NC2=NCC3NNC1=C23 TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69613 Cc1cc(C)c2c(n1)NNC2 TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69614 CC1CC23CCN(CC(N)=O)C2N=C2C=CCC=C2N(O)N3C(C)(O)C1C TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69615 COC(=O)OC1=CC(O)C(O)=C(O)C(C)=C1 TargetDiff 5FE7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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