DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69616 O=c1ccc2c3c(cccc3n1)NC2 TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69617 CCc1nc2c3n1C(=O)CC=C3C=CC=C2 TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69618 CCCC1C=C2CC3=C4C2C(=C1)C(=O)N(CO)CC4(O)NC1CCCCC1CO3 TargetDiff 5FE7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69619 CC1C2C(Nc3ccccc3C2C2CCCO2)C(=O)N1CCCO TargetDiff 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69620 O=C(O)CC=C=C(O)C1C2C3CC(OF)=C4CCC(C42)C(O)(C2CCCC(O)(F)C2)COC(=O)C(O)(O)C1CN3 TargetDiff 4RPN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69621 O=C1CC2CC(NN2)C2OCCC2C(O)C(O)C2C=CC3=CCC=CC4=C3C2C2C=C(O)CC(O1)N42 TargetDiff 4RPN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69622 CCC1OC2=C(C)C/C3=C(\F)C(O)(F)OC4OCCC=C4C4=CCC=CC1C4C(=O)C23 TargetDiff 4RPN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69623 CC1=C(C(=O)O)OC(=O)C1 TargetDiff 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69624 CCC1CC(=O)C(O)C2(C)CC(O)C(=O)C2CC(O)C(O)C(O)C1 TargetDiff 4RPN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69625 CC(=O)C1C(=O)c2ccccc2C1C(F)(F)F TargetDiff 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69626 O=C(O)C1OC2=C3C(CCC2)NC(=O)C31 TargetDiff 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69627 Nc1cccc2c1C1CCCC1C=C2 TargetDiff 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69628 CC1CC(F)CC(O)(F)C(F)C(F)(F)C1C TargetDiff 4RPN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69629 CC1=C(F)C(C(=O)O)CC1 TargetDiff 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69630 CCCCCC1=NC2=CC(CC(O)C(CCO)C(O)C(=O)O)=NNC2=NC1 TargetDiff 5FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

69616 to 69630 of 73725 items. Total 4915 pages.