DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69661 COc1cccc(OC2C(O)=CC(O)=C(O)C2NC(=O)O)c1 TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69662 C=CC(F)CCC1CC(c2ccc(O)cc2C(=O)O)C(=O)N1F TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69663 COC1=CCC(N(CCc2cc(F)cc(C(F)(F)F)c2)NCC2CCCC2)C=C1 TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69664 CC(CCl)OC1CCCC=C(CO)C1O TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69665 CC(C(OCC(=O)O)C(O)CO)C(C)(C)CC(F)C(F)(F)C(F)(C(F)F)C(F)F TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69666 Oc1cc(C(F)F)ccc1N1CC(O)CCC2C(O)CCC21 TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69667 CC(=O)C1C(C)CC2C(C(=O)CC3C(F)C(F)(C(F)(F)C(C)(F)F)C(F)C23C)C1C TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69668 CCC[SH](C)(N)(O)P(=O)(NOPSSC)O[SH]1P2N[PH]1(P)CNO2 TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69669 NP(P=S)S[SH]1PPN1SSPCl TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69670 CN1C(=O)C=C(c2ccc(F)c(F)c2)C2=NCCCCC21 TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69671 O=C(O)C1C=CC2C(=C1)C1=CC=CC=CC1=C2F TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69672 O=C(C1=CCC=CC1O)N(CO)CC(F)C(F)(F)F TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69673 CC(F)c1cc(Cl)ccc1C(O)C1=C(O)CN(C(=O)O)C1=O TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69674 CN1C(=O)CC(C2C=CC=CC(C(F)F)=C2)c2cc(O)ccc21 TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69675 CC1C(=O)N(C(=O)C2=CCC(F)=C(F)C2)C2OC(C)(O)C3=C2C1=NNc1ccccc13 TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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