DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69676 CC(C(=O)c1ccc(F)cc1)C1CONC1=O TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69677 O=C(O)C1(O)OC(O)(C2CNC(F)(F)C(F)C2)C2C=C(O)C(O)=CC21 TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69678 CC1N=CC(C(=O)O)C(c2cccc(CC(F)(F)F)c2)NC1=O TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69679 C[SH]1OP(CP)S(C)(F)NSN(Cl)P1Cl TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69680 OC12NC3C=CC=C4CC=CC(C5C=C=CCC=C=C5)N(C43)C1CO2 TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69681 CC(=O)C(CO)C1=CCC(O)=CC1 TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69682 CCN(c1ccc(F)c2c1CCO2)c1ccc(O)c2ccc(C(=O)OC(C)C)cc12 TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69683 O=C1CC2C(C(=O)c3ccccc3)NC(=O)N2C1=O TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69684 O=C1OCN(C(=O)c2ccc(F)cc2)C2=C=C(C=C(O)C=C2)C(C2CCNNC2)C1O TargetDiff 5B08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69685 Cc1cc(CCO)ccc1F TargetDiff 5B08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69686 CC1CSN(O)O1 TargetDiff 6I65 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69687 OC1=C(F)C2CC(O)CC2=CC1 TargetDiff 6I65 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69688 CC1C(C#CC(C)(F)F)CC2CC3CC(=N)NCC31C2 TargetDiff 6I65 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69689 CC1CC2=CC(C(=N)CCNC#CCc3ccncc3)=CCC2=C2C=CCN=CC21 TargetDiff 6I65 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69690 CC1CCC=C2N(N)CC23CCCC13 TargetDiff 6I65 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

69676 to 69690 of 73725 items. Total 4915 pages.