Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69631	CCC.CCC[C@H]1CCC(=O)N(C=CC(=C[C@H](OC)C(=O)O)N(CO)C2=CCC3=C(CC[C@@H]3C)N2)N1	TargetDiff	5FSY	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69632	CC=C(O)[C@H]1CC(C)NC1[C@H]1C[C@@H]([C@H]2C(=S)[C@@H](CC(C)(C)N)CCC2(O)O)CC1=O	TargetDiff	5FSY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69633	C[C@@H]1C=C[C@H](CCO)C(O)(O)[C@@H](C(=N)CC(=NC(=O)O)NC(=O)CCn2cnc(=N)c3c2N[C@@H](CCCO)C3)[C@@H]1O	TargetDiff	5FSY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69634	OC1=C2C(=CC(C(O)c3cccnc3)=CC2(O)O)OC1	TargetDiff	5FSY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69635	Cc1ccc(C(O)C(CO)C(O)C2=NC3OCC4CCCCC(C)NC4=C3C=N2)cn1	TargetDiff	5FSY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69636	CCNC(=O)C1NC(=N)C2CC(C(=O)O)NOC(CC(=O)Nc3cccc(C(=O)NC)c3)C21	TargetDiff	5FSY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69637	[O]S1([O])C2=CCC=C3CC(=C32)NC(=O)C2=N\C(=O)[C@H]3O[C@H](N=CNNc4ccccc4F)[C@@](O)(CC[C@@H]4CC[C@@H](CC/C=C/21)C4)[C@@H]3O	TargetDiff	5FSY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69638	COc1cc2c3c(c1)N(C(=O)c1ccc(F)cc1)C(=O)C3C(=O)C(NCCC(=O)C1CCNC1)=N2	TargetDiff	5FSY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69639	O=C(O)NC(=O)C(CC(O)CO)C(=O)Nc1ccccc1	TargetDiff	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69640	O=C1NN=NC2=CN(c3ccc(O)cc3)C3=C(C(O)CC3O)C12	TargetDiff	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69641	CC=CCCC	TargetDiff	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69642	O=C(O)c1ccccc1C(O)=CCC(F)(F)F	TargetDiff	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69643	CCCC(N)CCC(O)CO	TargetDiff	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69644	O=C1NC2CC(O)(O)CC2N1c1ccc(F)cc1	TargetDiff	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69645	O=C(O)CC1(N2NCC3C=C(O)C(O)=CC32)C=CC(F)=C(F)C=C1O	TargetDiff	5B08	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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