Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69721	CC(=O)C1CNC2=CCC(OC3(COCCC4=CC=CCC(O)=C4O)CN4COCC43)=CC21	TargetDiff	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69722	CNC1=C(CO)C(=O)C=CC1C1CCC2C=C(C=CC2)CC(=O)NC2=C(CNc3cc(C(F)F)c(F)cn3)CC1C2	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69723	O=C1CCC2CCC3=C4C=CCC=CC4N(CC(Cl)OC(SC4N=CC=NC5CCNC54)NCCC(O)C12)N3	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69724	CNC(=O)NCC(Cl)C(=C=CC1=CC=CC2CNC(=O)CC=C12)CC(=O)O	TargetDiff	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69725	CC1=C2CC(NO)CC2C(C2CC(NC(=O)C(N)=O)=NC2=O)C=C1	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69726	CCOc1ccnc(C)c1CCC(C)CCCCNC(=O)Cc1cc(C)ncn1	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69727	CN(C)C1=CCC(C(=O)N2C(=S)N3C2=C2CCC4=NNC5=NC=CC3C5N42)=CC1	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69728	Cc1c(C(N)=O)ccc2ccc(N(CO)C3=CC(C=NOC(=O)c4ncc(F)cc4F)C(=N)N=C3)nc12	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69729	N=CC1=CC=CC(=NC(=O)Nc2ccccc2)C1=C1Cc2ccc3ccccc3c2N1	TargetDiff	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69730	O=C1CC2=C(C=N1)C1C=C3NC4C(=C5CC=CCC5=CC4C(=O)O)C3C=C(Cl)C1O2	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69731	O=C(O)CCc1ccccc1C1CNN(C2C=CCC(F)=C2)C1	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69732	CCCN(NC(=O)c1ccc(Cl)c(F)c1)C1=NN2C(C1)CC(CN)C2c1cccnc1	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69733	COCCCN1CC(C2CCCCC(C(C)O)N2)=CC(NCC2=CC(=O)N=CC2)C1C(=O)O	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69734	N=c1ncn2c3c1CCN3C1CCC3OC4=C(CC(P(=O)(O)O)C4)C2C31	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69735	CCC1NC2=CC(OC3(O)CCC(C)O3)=CC(C(CF)CC3=C(C)N(C)NC3)C2O1	TargetDiff	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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