DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69751 O=C1N=CNC2=C3N(CCN13)CN2 TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69752 O=C1C2=C3C(=NC=C4CCCN1C43)CC=N2 TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69753 Cc1c(O)ccc(N)c1N TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69754 O=C1COC(=O)CC(=O)N1 TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69755 CC(N)C(CCO)C(O)CCC1OC(=O)C(COC(=O)C2CC(CO)C(O)NC2=O)OC(O)C1O TargetDiff 6HLY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69756 NC1CCC(O)C(O)C(C(O)C(O)(O)C2COC(CCP(=O)(O)O)C2)C1 TargetDiff 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69757 COCOC1OCC(O)(CO)COC1C1CC2C(F)C(F)CC(O)C2C(=O)C1C(C)O TargetDiff 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69758 CC1=Cc2ccccc2C(C2C=CC(F)=CC(O)=C2)C1C(=O)O.NC(N)=O TargetDiff 6HLY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69759 C[C@@H](O)N1CCO[C@H]2CC(F)=CC(=C(CO)C(O)C(=O)O)[C@@H]2C[C@H]1c1cc(F)cc(O)c1O TargetDiff 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69760 CCN(C)C(O)C(O)C1C(C)=CC=C(C)C1NC1=CC(O)(O)CC=C1F TargetDiff 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69761 N=C1CC2OC(C(O)CC(O)CC(N)=O)C(O)C(O)C(=O)N2CN(O)C1 TargetDiff 6HLY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69762 CC1(C2CC3CC4CC(CO)CCC4N32)CCNCC1C(=O)O TargetDiff 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69763 N=C1CCC(CO)C(C(=O)O)CN1C(=O)Cc1cccc(OCC2OCC(O)C(O)CC2(O)O)c1 TargetDiff 6HLY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69764 NCCC(O)C(O)C1CC(=O)C2(O)CC(CCN/C=[C]\C(=O)O)NC12 TargetDiff 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69765 CC(=O)C1C=CC(c2c(C)cccc2C(CC(F)F)C(F)(F)F)C=C1 TargetDiff 5ORK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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