Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69781	CC(C1CCC2NC(=O)C(CN)/N=C3\CC(O)C(=O)C3C3CC4=C(CC(C(N)=O)N4)CN3C(=O)C21)P(=O)(O)O	TargetDiff	6MA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69782	CCC(O)C(CO)C1(C)CC(S(C)([O])[O])=CC2(C)CCC(C(=O)O)CC21	TargetDiff	6MA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69783	COC1C(O)=CC(F)=CC1N1CC2/C(F)=C\C(O)C#C/C=C(/C=O)C#CCC(O)(O)C(NC(=O)C2F)C2=C1C=CCC=C2	TargetDiff	6MA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69784	CC[C@@H]1CCC(CCCC(=CCCC2CC[C@H]3CC=C[C@@H]4C(=O)CCC2=C34)C(=O)O)=C1O	TargetDiff	6DGQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69785	C[C@H]1CCC(=C(O)C[C@@H]2CC[C@H]([C@H](O)CNc3cc(N)ccn3)C2)C1	TargetDiff	6DGQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69786	COC(F)(F)C1NC(=Nc2ccc3c(n2)C[C@@H](C2NC4=CCC=C(F)C4S2)C=C3)OC1=O	TargetDiff	6DGQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69787	CC(C)CCCCC(=O)N(C)Cc1cccc2c1C(=O)C1=C2C2CCC3CCC(CCC4CCC(O)C(O)C4O)C3OCCC2C1C	TargetDiff	6DGQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69788	CC1CC(C2CC3CC4C(F)C5OCCN5CC4C3C3CCC23)c2cnc(C3CCNN3)cc21.CNC(=O)O.NC=O	TargetDiff	6DGQ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
69789	CC(=O)N1CC(OC2C=CC(=O)C(CNC3C=CC=C4C=C(C5CCC5)CC=C43)=C2)NC1=O	TargetDiff	6DGQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69790	CC1=C2C=CC3CC(NC(=O)C4COc5cc(C)cc(F)c54)C(C)COC3=C2CC=N1	TargetDiff	6DGQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69791	CCCC=CCc1ccc([C@H]2CC3C=C(F)C(C(=O)O)=C(O)[C@H]3O2)cc1	TargetDiff	6DGQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69792	CC(=C[C@@H]1[C@@H]2c3cccc4c3C([C@@H]2CN1CO)[C@H]1Cc2cccc(c21)C=C=C4CO)CO[C@@H](C)C1=C2CC=CC(C)=C2NN1	TargetDiff	6DGQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69793	O=C1C(O)C(O)C(O)CC(CO)N2C=CC=C/C2=N\COCCN1CO	TargetDiff	4U70	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69794	CC(O)COC1CCC1C(O)C1OC(=O)C(O)(O)C1O	TargetDiff	4U70	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69795	CC(OC(C)(C)O)C(N)C(O)C(O)C(O)(O)C(C)(O)c1ccc(F)c(F)c1	TargetDiff	4U70	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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