Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69796	O=C(N=C(CO)[P@@](=O)(O)C(=O)OO)Oc1ccc(F)cc1	TargetDiff	4U70	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69797	CC12CCC(C(C(O)CF)C(O)C(O)(O)C(O)CO)c3cccc(c31)OC2	TargetDiff	4U70	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69798	CC1CCCCC1CCC(O)P(=O)(O)O	TargetDiff	4U70	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69799	CCC(=O)OC(O)C(=O)OC(=O)C1(O)OC(C)(C2=NC(CN)CN2C(C)(C)C)C1C	TargetDiff	4U70	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69800	O=C(O)C(=O)N(O)CCC1NN(c2ccc(O)cc2)C(F)OC2=C1NOC2	TargetDiff	4U70	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69801	O=C(O)Cc1ccccc1.O=P(O)(O)CC(O)(CO)CCO	TargetDiff	4U70	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69802	CC(O)CC1CC2(CC(O)C(O)OC(O)C(O)(O)OCO)CCC1C(O)C2	TargetDiff	4U70	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69803	CCC(C)C1C(=O)C2=C=C/C=C\CCOC3=CCC=CC3N2C1CCCOCC1C=C2CNNC2=NC1=N	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69804	CCN1CCCCN(CC2C=CCC=C2NC(=O)CC(NCCO)C(=O)O)C1=O	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69805	CCCc1nc2c3n(c1=O)CCC(O)(O)[C@@H]3CN2C=C1C=C(C(C)C)NC=C1C	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69806	CCCCOC1C2C3C=CC=CC3C(CC)CCOCC3CCC(CC(C(C)C)N1C1OC(C(N)C4NC(C)=NC4=O)N21)N3	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69807	CCC1NC(Oc2cnnc(C(N)=O)c2O)C(CC(O)CCCO)C1C(=O)NCCC(C)C	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69808	O=C1C/C=C/CCN(O)C/C=C\C(Oc2ccccc2)CNCCC2CN1N2	TargetDiff	4ZEB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69809	COC1=CC=C[C@@H]([C@H]2C3=NC(=C(O)[C@@H]4C[C@](N)(O)[C@@H]4C(=O)O)C(=O)N3C3=C(C=CCC=C3)C3[C@@H](C)C[C@H]3C[C@@H]2[C@H](C)CO)C1	TargetDiff	4ZEB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69810	CCOC1C(COP([O])[O])OCC2(O)C(C)C3CC(C(O)C(=O)OCC(O)C(C(C)O)CCCC45COCC4CC4(C5)OCCC34)C12	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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