Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69856	NC(O)(CC(O)C1=CCN2C(=O)C3=C(NCC3)C2C1)c1ccccc1	TargetDiff	5JXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69857	CCNNC(=O)NC(=O)C=N[C@](O)(C(O)[C@@H]1C(=O)N(C(=O)N2CCCNC2)CC[C@@H]1C)[C@@H](C)[C@@]1(O)CCC[C@](C)(O)C1	TargetDiff	5JXN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69858	CC(C)C1CC2C3CN(CC4OCC(OCC5CC6CC(=N)CCC6C(O)C(COC1C2O)O5)O4)C(=O)O3	TargetDiff	5JXN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69859	CC(C)[C@H](C)[C@H](O)C(O)(O)C=C(O)[C@@H](O)CC(N)=O	TargetDiff	5JXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69860	CC1CCC2C(O)C3CC4C(N)=C5CC(=O)C(NO)C5=C(O)C4OCCC3(C(=O)O)C(O)C2C1	TargetDiff	5OEI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
69861	CC(OC(CO)CC(CC(=O)O)C(=O)O)C(=O)O	TargetDiff	5OEI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69862	CC(C(=N)NC(=O)CO)C(=O)O	TargetDiff	5OEI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69863	O=C(O)C(O)C1OC(O)(O)C(OC(C(=O)O)P(O)O)C1O	TargetDiff	5OEI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69864	O=C(O)CC(O)C1(O)OC(CCO)C(O)C(O)C1O	TargetDiff	5OEI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69865	O=C1CN(OC2OCC(OC(=O)O)C2O)C=NC=N1	TargetDiff	5OEI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69866	N=C(NC(=O)O)C(=S)COC(CCC(N)=O)C(=O)O	TargetDiff	5OEI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69867	CC1=C(C(=O)O)C(=O)C(C2CCC(P(=O)(O)O)C(NC(=O)C(=O)O)CO2)N1	TargetDiff	5OEI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69868	CCCCCC1C(O)C(O)CC(O)C1C1C(=O)NC(=O)NC1=O	TargetDiff	5J64	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69869	N=C1C(O)C(C(=O)O)C2CCCCC(O)C3NN=CC1C23	TargetDiff	5J64	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69870	CCCCCCC1NN(CN)C2=NC(=O)C3C(=O)c4cccc(O)c4OC213	TargetDiff	5J64	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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